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单细胞测序

10X 单细胞 VDJ

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文献案例

送样建议

scRNA-Seq 揭示T/B细胞的克隆亚型及 CDR3 区多样性

  • 10x Genomics 单细胞转录组测序平台利用微流控和 barcode 标记等技术、从而获得大量的免疫组库信息，捕获近十万个细胞。并通过 T 细胞和 B 细胞 抗原受体的高度多样性以及细胞基因表达。可以加速对适应性免疫反应的新认识，揭示免疫反应的真正复杂性。
    通量高、成本低、周期短。

应用方向

免疫方向研究
免疫肿瘤学
发育生物学

九游j9登陆 优势

多个驻地实验室，提供更方便的实验预约
上门、寄送全方位服务模式，拥有极致周期
从样本制备到个性化分析，为您提供全方位的服务

信息分析

单细胞VDJ的分析核心是探索TCR 和BCR 克隆型的多样性，九游j9登陆 单细胞使用10x官方分析软件Cell Ranger对T/B细胞进行克隆型 研究，从而鉴定克隆多样性。

送样建议

样本类型 新鲜组织、新鲜悬液或者速冻组织
细胞大小 5~30 μm
建议细胞活性 >80%，（尽量去除细胞团 / 碎片 / 杂质等）
细胞浓度 700~1200 cell/μL
细胞总量 建议30 万，最低尝试量 10 万细胞

常见问题

  • 1. 为什么选择单细胞测序技术？

    • 同一类型细胞中可能存在很多不同表型及基因型的细胞、单细胞扩增技术通过在单个细胞水平上对基因组进行测序，广泛应用于：生殖细胞、胚胎干细胞、神经细胞、肿瘤细胞、免疫细胞等热点研究领域，为科学家研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关 系 等提供了新方向。

  • 2. 10X VDJ 目前可以做什么物种？

    • 人和鼠的 TCR 或者 BCR。

  • 3. 对于单细胞的样本要求？

    • 细胞数量与浓度：建议5×105个，浓度为1000个/uL；
      细胞活性：大于80%，建议风险建库数量为105 ；
      细胞尺径：5 um ≤ X ≤ 30um。

  • 4. 细胞捕获数？基因检出数？

    • 细胞捕获数与样本活性与细胞浓度密切相关。一般建议5000细胞。更多的细胞可以少量提升基因检出数。基因检出数与样本状态有关。不同的类型样本，基因检出数也可存 在数倍的差异。

  • 5. 细胞数达不到106是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？

    • 可以做、但是有风险。cell counter 计数最佳细胞浓度在5×105~1×106细胞左右、如果细胞数过低，我们就无法较准确得到细胞浓度 从而进行上样，这会影响后续实际细胞检出数目；另外，每次损失至少25%，很有可能会存在计数不准确的情况，而且细胞计数2次也会损失一定细胞，实验前需要清洗细胞2次，太少量无法进行操作。

  • 6. 细胞活性达不到80%是否可以做10X Genomics 单细胞转录组？

    • 细胞活性过低时、影响基因检出，从而得到的数据无法准确反映每个细胞样品内转录本的表达情况，细胞内的 RNA 可能会发生降解。因此如果老师细胞数目及细胞情况实在 无法满足要求，需要事先了解风险。

  • 7. 线粒体基因过滤情况和多细胞去除方法？

    • 线粒体基因比例高，这种情况下需要进行线粒体基因过滤，通常意味着细胞活性低。并不是所有项目都会进行线粒体基因过滤，视样本情况而定。大多占比大于20%或30% 的时候会进行这一步骤，有的会高达50%才进行。
    • 在细胞捕获量大或细胞成团的时候，多细胞比例会升高，这时需要进行多细胞去除。目前10X 官方没有多细胞去除的标准。我们的标准是对于 UMI 的数量进行一个上限的设定。

拓展材料

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