10x Visium FFPE 空间转录组测序

10x Visium FFPE 空间转录组测序——无偏检测组织切片基因表达，还原表达基因位置信息

10x Visium FFPE 空间转录组测序：10x Visium FFPE空间转录组产品以高分辨率来展示组织不同位置的基因表达信息，增加信息检测维度。该产品具有样本准备简单、分辨率高、灵敏度高和无偏检测基因表达等特点。

技术路线

切片

质控

染色成像

探针杂交

建库测序

数据分析

探针杂交
针对人（＞18000基因）和小鼠（＞20000基因）mRNA设计特异性探针、每个探针分为左侧探针（LHS）和右侧探针（RHS）两部分：LHS包含read 2 测序引物结合序列和特异性序列，RHS 包含特异性序列和polyA序列。LHS与RHS的特异性序列与mRNA结合后。连接形成完整的探针序列。再经过透化等过程。将探针释放与玻片的Oligo序列结合和延伸，最终构建成完整的文库。

10x Visium 玻片

10x Visium 玻片上的Oligo序列与探针的ployA序列结合和延伸，形成含带有barcode的核酸片段，再连接测序接头。
10x Visium载玻片包含4个捕获区域（对应4张切片），可制备4个转录组文库；
每个捕获区域面积为6.5 mm x 6.5 mm, 约有5000个spot；
每个 spot 位点直径55 μm，含有大量UMI标签，可以覆盖1~10 细胞;

信息分析

数据经过严格质控。确保数据分析准确性和可靠性，获取空间位置表达信息，将染色图像与表达数据相结合，采用10x Visium官方分析流程和自主开发分析流程。

应用方向

肿瘤学：肿瘤微环境、肿瘤异质性、疾病进展、癌症形态、三级淋巴结构
免疫学：免疫细胞浸润、免疫细胞基因表达特征、免疫细胞传播
发育生物学：人类发育过程中空间位置表达、发现组织中与形态相关的基因
神经科学：绘制脑部细胞层、解析正常和病变区域表达特征
病理学：增加表达维度的形态学结论、基因表达验证病理准确性

送样建议

样本类型	送样量/样	保存条件	运输条件
FFPE 组织块	1块	密封后，4℃保存	冰袋运输

常见问题

1.为什么选空间转录组测序技术，它能为我们带来什么样的结果？
- 在生物学中，“空间”这个概念具有非常重要的意义，可以用来描述生物网络的相互作用，例如：
  （1）胚胎发育时期、细胞处于胚胎中的位置不同，从而形成特定的器官，有着不同的发育命运。
  （2）肿瘤的发生。转移和治疗有着重要的意义，生长，转移及演化与肿瘤所处的微环境有着密切的关系，组织免疫细胞等共同形成了“肿瘤微环境”，肿瘤细胞，肿瘤与环境之间既可以相互促进又可以相互拮抗，发展，因此利用空间转录组对肿瘤微环境的研究对于认识肿瘤的发生，肿瘤相关的基质细胞（stromal cell）及周围的血管。每个细胞处于不同的微环境中，会出现不同的基因表达模式和功能差异。只有结合它们的空间位置信息，才能更好的诠释该类细胞在特定环境下的生物学功能。

2.10x Visium FFPE 空间转录组产品可以适用于哪些样本类型？
- 10x Visium FFPE 空间转录组空间测序、再捕获建库，采用探针杂交后。目前，10x Visium探针仅限于人和小鼠两个物种。

3.FFPE组织尺寸标准，及尺寸不符的处理办法？
- 样本截面大小应不超过6.5 mm × 6.5 mm。稍大的组织样本、长度在1 cm左右，比如长条状的，可在组织切片时通过组织划分的方法获得合适大小的切片。

4.样本质检的内容及方法？
- FFPE切片质检合格后，才能进行空间转录组试验，质检的内容主要包括： （1）组织形态学检测： FFPE H&E 染色观察组织形态上是否完整、比如是否有大的裂痕、褶皱等状态。
  （2）RNA 完整性检测：收集10~20片FFPE切片提取 RNA、利用安捷伦2100检测RNA片段长度分布。长度大于200 bp的RNA片段占比超过50%、说明质检合格。
  （3）粘附性测试：每个样本取4张FFPE 切片、在与10x Visium 玻片相同材质的玻片上进行贴片、脱蜡和染色等试验后，观察组织脱片程度。没有脱片或轻微脱片则可继续空间转录组捕获建库。

拓展材料

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