基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
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转化医学>
转化医学及临床试验服务>
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Ribo-seq ——解析多聚核糖体翻译过程
核糖体印记测序, 可以对正在翻译的RNA进行检测。Ribosome profiling是针对与核糖体结合、长度约为30nt的正在翻译的RNA片段进行富集、测序和定量。据此可推测起始密码子位置(包括非AUG起始)以及uORFs等信息。物种广、瞬时性
作为连接转录和蛋白层面的桥梁。Ribo-seq对瞬时停止翻译延伸过程的样本进行高通量测序分析。解析多聚核糖体在RNA上的翻译印记。在翻译层面解析生命过程中的差异表达基因。影响翻译产物,影响翻译效率;RNA结构或转录组后修饰,如:环境刺激、代谢或疾病发生。为科研工作展开新的视角。应用方向
翻译组适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。生长发育
人、小鼠、斑马鱼等细胞、组织生长发育研究。癌症疾病
疾病、癌症发生发展等研究。植物
植物胁迫、生长发育、开花、遗传育种等研究。九游j9登陆 优势
1. 周期快、质量好,稳定性高
九游j9登陆 Ribo-seq采用先进的Illumina平台测序、并与高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)结合,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。交付周期<65天。2. 方案设计专业,质控严格
针对动物细胞、细胞裂解液、动/植物组织、RPF等建库中间产物、调整试验protocol,设计不同的项目方案,以保障高质量研究成果,每一步都需要科学、缜密的设计。材料选取
RPFs
文库构建
Ribo文库
SE50测序
信息分析
3. 项目文章以及物种经验丰富
九游j9登陆已经成功完成对人、大小鼠、鸡、山羊、猪、海产动物等细胞和组织样本;拟南芥、杨树、烟草、番茄、菊花、玉米、大豆、水稻、棉花等组织和RPF样本; 疟原虫、昆虫等。助力客户在Nucleic Acids Research、Science Advance等权威杂志发表多篇高水平文章。80人
分析团队5年
项目经验500+
结题项目1对1
项目服务信息分析
标准分析流程:该部分的分析包括Ribo-seq单组学分析和与mRNA数据进行关联分析(主要是样本的翻译效率及翻译全局景观的分析,如无mRNA数据,则不呈现翻译效率(TE)分析内容)关联分析
通过Ribo-seq与mRNA基因表达进行关联分析。可以帮助我们了解转录本的翻译效率,样本中的哪些基因的表达受到翻译层面的调控以及对应的基因的功能。因此Ribo-seq和mRNA转录组的联合分析广泛应用于疾病研究、生物性状等多种领域。Ribo-seq与mRNA关联分析 | 1. 差异TE基因统计 |
---|---|
2. GO功能、KEGG通路富集分析 | |
3. mRNA与RPF相关性分析 | |
4. mRNA与RPF的表达水平差异比较关联分析 | |
Ribo-seq与ncRNA关联分析 |
1.sORF的鉴定 |
2.sORF得分图 | |
3.表达量/翻译水平分析 (1)具有sORF的ncRNA的转录组定量和差异水平展示(2)具有sORF的ncRNA的翻译组定量和差异水平展示 (3)sORF的翻译效率和差异水平展示 |
送样建议
样本类型 | 送样建议 | 预处理 |
---|---|---|
新鲜动物组织 | ≥300mg | RNase free 水漂洗以去除污物, 剔除结缔组织、毛发等非研究组织 |
新鲜植物组织 | ≥300mg | RNase free 水冲洗表面,吸水纸吸干样品表面 |
新鲜培养细胞数量 | 5×10 6个 | 细胞活性 90%以上,使用放线菌酮固定后,收集细胞 |
RPF | ≥200ng/μl,10μl 以上 | 过柱法、蔗糖梯度离心收集或其他方式处理 |
常见问题
1.同时想做ribo-seq和mRNA-seq,应该怎么送样?
2.在片段分布的分析中,21-24nt有峰值,代表什么?
3.P-site(三碱基周期性)数据的特性有哪些?
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//点击右侧切换效果
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