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基因组测序

细菌基因组测序(二代)

产品介绍

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结果展示

三代送样建议

二代送样建议

送样建议

细菌测序——对细菌基因组进行深入挖掘研究

细菌基因组研究，并对其进行结构和功能研究的方法，是通过基因组测序和组装获得细菌全基因组序列。依据研究目标所需精细程度的不同，我们提供了细菌框架图（草图）和细菌完成图两种不同的解决方案。通过对这些细菌测序研究，让细菌更好地为我们所用，我们可以更好地了解和掌控菌株的生理过程。

应用方向

  • 基因功能研究

    预测重要基因和蛋白研究功能与机制
    寻找关键功能基因

  • 进化分析

    研究细菌种内进化关系
    研究细菌进化遗传机制

  • 病原菌

    鉴定病原菌致病机制
    研究致病细菌致病机制
    开发研究抗生素、疫苗、药物

九游j9登陆 优势

  • 1.方案设计专业，流程严格

    从材料选取。每一步都需要科学、缜密的设计，到数据分析，以保障高质量研究成果，建库测序。多平台的选择。适用不同研究背景，为您量身定制适宜的细菌基因组解决方案，不同精细程度的细菌基因组测序方案。细菌完成图我们承诺 1 Contig，0 gap！
    产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用范围 项目周期
    细菌框架图 Illumina PE150 350 bp文库 ≥ 100 X 无 大规模测序
    快速扫描    		 30个自然日
    细菌完成图 PacBio或Nanopore 10 Kb 文库 ≥100 X 1 contig
    0 Gap    		 少量菌株测序
    精确到位    		 45个自然日

  • 2.周期短，质量好

    九游j9登陆细菌基因组测序采用先进的Illumina PE150的二代测序平台，PacBio或Nanopore三代测序平台，快速、高效地读取高质量的测序数据。九游j9登陆高性能计算平台（High Performance Computing，实现快速稳定的测序数据分析及交付，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合。随着公司业务的发展。以保证高效的数据处理和安全的数据存储，高性能计算平台将会持续更新并扩容。

    • 30天+

      项目周期

    • Genome

      检测方法

    • ALL

      检测结果

    • 20,280个

      物理核数

    • 1,727 T flops

      计算峰值速度

    • 400 TB

      总内存

    • 58.6PB

      总储存

  • 3.项目文章以及经验丰富

    九游j9登陆微生物客户遍布全球、项目合作涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等多个领域。细菌基因组完成样品数超过上万个、已助力客户在mSystem、Nature Communication、Genome Biology、Microbiome、ISME等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计、优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成，严格的质控管理，丰富的项目经验，专业的分析团队，助力科学研究。

    • 60人

      分析团队

    • 8年

      项目经验

    • 8000+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
不同精细程度的细菌基因组信息分析，探究其潜在价值，解密细菌的发展历程。
基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
基因组结构研究 编码/非编码基因预测 预测编码/非编码基因信息
重复序列分析 分析基因组重复序列结构
基因岛预测 预测基因组内基因岛结构
前噬菌体预测 预测基因组前噬菌体序列
CRISPR 预测 对基因组进行 CRISPR 预测
基因基本功能注释 常见功能数据库注释
(NR、GO、COG、KEGG、SwissProt、Pfam、TCDB、CAZy)		 通过常见权威数据库解释编码基因功能
全基因组功能圈图展示（框架图/完成图） 全面总览基因组组分情况
基因组甲基化修饰分析（完成图） 总览基因组甲基化修饰情况
菌株致病相关研究 分泌系统效应蛋白、病原与宿主互作、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇 从胞外分泌、宿主互作等机制解释菌株致病性
细菌致病菌毒力因子和耐药基因注释（VFDB、 ARDB、CARD ） 毒力因子及致病性相关基因
不论是个体深入变异解析。我们都有完备的解决方案，为您解决关心的生物学问题，还是群体进化历史解读。
研究目标 应用技术 解决问题
个体深入变异解析 基因组间共线性分析 基因组一对一共线性比较
寻找基因组间同源序列
基因组间变异检测 以共线性区域为基础
全面解析基因组间变异信息
群体进化历史解读 Core-pan基因解析 构建Core-pan基因集合
单拷贝基因用于进化分析
进化树构建、ANI、cgMLST 构建菌株间进化关系
解析菌株起源传播规律

送样建议

DNA 送样要求
产品类型 文库类型 浓度要求 总量要求 (单次建库) 其他要求
细菌框架图 350bp 文库 >5ng/μL 400ng DNA 无降解，条带单一，无杂带，无 RNA、
蛋白质等杂质污染
细菌完成图 350bp 文库
10Kb 文库		 ≥70 ng/μL ≥5 μg

常见问题

  • 1.检测新菌株的变异，通过比较基因组或重测序均可以实现，应该如何选择？

    • 比较基因组和重测序的手段都可以检测获得新菌株的变异信息、不过两种方法在应用场合上还是有一定区别的。一般重测序手段、对于变异较大的区域，由于序列读长限制， 为保证比对准确率，往往检测效果不理想，一般仅保留相似度95%以上的比对结果。由于细菌进化速率较快、都存在不同含量变异较大的区域，一般来说比较基因组的变异检测效果会更加全面一些，除了个别诱变获得 的菌株外。考虑到基于细菌框架图的比较基因组、通常情况下我们都会推荐比较基因组的分析策略，分析费用 与细菌重测序相比增加不多。

  • 2.为何完成图选择三代测序平台？

    • 受测序片段长度的限制，细菌基因组序列通常需要利用软件算法将大量测序片段拼接起来，则会大大增加拼接的复杂度，而细菌基因组中重复序列的存在。 细菌重复序列的大小从几百bp到7 Kb不等、因此组装结果更加碎片化，而三代测序采用了10 Kb文 库，平均读长也达到10 Kb以上，避免了细菌基因组中重复序列的影响，因此能够获得0 gap的完整组装结果，细菌框架图的插入片段，只能解决少量的重复片段问题，由于序列够长。

  • 3.对于细菌基因组测序，三代和二代测序相比有何优势？

    • 三代测序相比二代测序而言，而劣势是测序成本偏高，其优势在于读长长，GC含量影响小。对于细菌基因组测序来说、三代测序的长读长可以解决细菌中的重复序列 问题，也避免了异常GC菌株的测序不均匀问题。由于细菌基因组较小、需要的测序量不大，对于较为精细的细菌完成图来说，三代成本甚至低于二代结合一代的策略。 目前为止，在需要组装完整性较低的细菌框架图层面，二代测序仍能保持一定成本优势。随着三代测序通量提升和成本降低，未来三代测序有望在细菌基因组领域获 得更广泛的应用。

  • 4.群体进化分析，对于参考基因组选择有什么要求？

    • 为研究多个菌株之间的进化顺序和起源关系，并以此为基础进行地域传播、分歧时间、选择压力等 相关研究，可以选择这些菌株之间的单拷贝核心基因作为遗传标记，构建进化树。一般来说、单拷贝核心基因的数目也就越少，选择的基因组间亲缘关系越远。如果单拷贝核心基因的数目低于一定限度。如数百个基因以下，则进化树的精度 会受到影响。以典型的应用场合为例。可以选择5株左右同一属的菌株，总共5~8株菌株用于构建进化树，再额外选择2株左右临近属的菌株作为外群。

  • 5.细菌基因组中如何预测核糖体rDNA基因？

    • 预测细菌基因组中的核糖体rDNA基因。通常有两种方法：一是通过rDNA序列结构特征进行de novo 预测，二是利用近缘rDNA序列进行同源预测。其中前者预测更准确。但 是需要组装结果中具备完整的rDNA结构。在框架图结果中。分布于多条scaffold中的情况，可能有rDNA区域组装不完整，会导致de novo 方法rDNA预测不到的情况。如果 想要获得更完整的预测结果。使用同源预测方法，可以预先提供近缘rDNA序列，以改善预测效果。

  • 6.基于共线性分析检测得到菌株变异，应该如何解读？

    • 基于共线性分析检测。一般按照变异对蛋白序列的影响严重程度，可以得到目标菌株不同类型的变异，优先关注影响较大的基因。一般可参考如下顺序：基因插入缺失>导致 移码突变的InDel>非移码InDel≈非同义SNP>同义SNP。其中基因插入缺失、通过重测序手段往往难以检测到，特别是新基因的插入。这也是为什么我们更推荐基于组装结合比 较基因组手段检测变异的原因之一。

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