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多组学联合分析

表观组学(染色质微环境)

产品介绍

分析思路

项目案例

表观遗传多组学

  • DNA甲基化+转录组(RNA-seq)

    联合转录组(RNA-seq)，可以了解样本中DNA甲基化修饰和RNA表达是否存在整体上的相关性、样本中哪些基因的转录表达受到DNA甲基化修饰的影响的基因及功能。

  • RNA甲基化(m6A修饰)+转录组(RNA-seq)

    在进行m6A相关研究时结合转录组(RNA-seq)，探究转录本修饰水平与基因表达水平的相关性，进一步挖掘RNA甲基化酶靶基因。

染色质微环境多组学

  • ATAC-seq+转录组(RNA-seq)

    将 ATAC 与转录组 (RNA-seq) 关联分析、评估用染色质开放性阐述转录水平乃 至下游表型变化的可信度， 可以研究 ATAC 信号反映的染色质开放性程度与基因表达调控的机制。

  • CUT&Tag+ATAC-seq+转录组(RNA-seq)

    CUT&Tag 与 ATAC-seq 以及转录组 (RNA-seq)联合分析。可以探究组蛋白标记调控和染色质开放性的一致相关性，探究转录因子调控转录起始的过程，以及完善染色质微环境调控基因表达的调控网络。

  • Hi-C+转录组(RNA-seq)

    整合 Hi-C 与转录组 (RNA-seq)数据。从基因组、转录组两种组学结合的视角阐述生物体性状形成的相关机制，用以研究染色体结构变化与基因表达调控之间的关系。

染色质微环境多组学

一对一项目服务、全面助力客户科学研究及发表文章进军高分文章，严格的质控管理，确保每一个环节都能出色完成，丰富的项目经验，专业的分析团队，优质的项目服务，科学的方案设计，同时还搭建各组学联合分析流程。

多组学送样建议


DNA 甲基化 取样标准 表观遗传学具有显著的组织特异性，不同组织细胞间甲基化状态可能会有巨大差异，重点需要参考老师的研究课题进行取样
测序深度 全基因组甲基化测序，测序深度建议 30×/ 样
RNA 甲基化 (m6A 修饰 ) 取样标准 取样时间、部位、环境等尽量保持一致，不同类型的样本可能会存在一定差异，针对具体研究部位 进行取样
ATAC-seq 取样标准 取样过程中，尽可能减少人为造成的样品间差异，且确保自己的样本没有外源污染
CUT&Tag/ChIP-seq 取样标准 采集的样本应该通过严格的细胞学、组织学、病理学等相关鉴定，且确保自己的样本没有外源污染
Hi-C 取样标准 微小个体生物，建议选择相对近源的物种进行混样，混样个体切忌太多；含水量极高的样本，建议 客户多准备一些样本，选择底部细胞沉淀进行实验；辅助组装样本尽可能保持与基因组样本来自同 一个体 ( 或相对近源的个体 )
注：各组学样本分装保存并寄送

信息分析内容 ( 单组学 )


DNA 甲基化 RNA 甲基化 ATAC-seq CUT&Tag/ChIP-seq Hi-C
甲基化位点检测 结合位点检测 (peak calling) 互作图谱构建
单样本甲基化分析 Motif 分析 差异互作图谱分析
功能区域甲基化水平分布 基因功能区 peak 分布 A/B compartments 分析
差异甲基化区域分析 差异分析 TAD 分析

信息分析内容 ( 多组学 )


DNA 甲基化 RNA 甲基化 (m6A 修饰 ) ATAC-seq CUT&Tag/ChIP-seq Hi-C
与 RNA-seq 联合分析
  1. 从染色体层面、基因及上 下游层面展示 DNA 甲基化修 饰与基因表达的关系
  2. 研究转录组差异基因表达 与甲基化修饰的关系
  3. 揭示 DMR 相关基因的表 达与甲基化修饰的关系
  4. 研究 DMR 相关基因与差 异基因的 overlap 基因并进行 功能分析
  1. 结合转录组数据，筛 选 overlap 基因集
  2. Overlap 基因集功能 分析
  1. 获 得 RNA-seq/ ATAC-seq 信号分布情 况；
  2. 研究差异表达与染 色质可及性关系；
  3. 研究差异表达与差 异染色质可及性，筛 选 overlap 基因集 并 进一步分析；
  1. 研究基因的表达水平和 CUT&Tag 信号水平关系
  2. 差异表达基因的表观水 平变化的研究
  3. 研究差异峰相关基因的 表达水平变化
  4. 筛选并分析差异表达与 差异峰相关 overlap 基因 集并进行功能分析
  1. 研究处理组和对照 组 A/B compartment 的变化区域与对 应的基因的表达水平变化
  2. 统计差异互作区域对应的差异 表达基因的表达水平，并观察三 维染色质互作的变化与基因表达 变化的关系
  3. 鉴定保守 TAD 区域，并利用 转录组数据对其进行分类分析；

前台 :：025-86132461

客服 : 400-658-1585

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