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RRBS

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RRBS—经济且准确的DNA甲基化

  • 简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing、并进行 Bisulfite 测序，同时 实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率，RRBS）通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域。作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模 临床样本的研究中具有广泛的应用前景。

  • 准确：

    单碱基分辨率，准确分析每一个胞嘧啶的甲基化状态。

  • 经济：

    性价比高。在较少的测序数据量下，针对启动子及 CpG 岛区域的DNA甲基化进行分析。

应用方向

队列研究 疾病与风险因素、遗传特征、生物标记物等研究。
癌症疾病 肿瘤、精神疾病、代谢病、免疫病等研究。
动物发育 肌肉发育、育种与繁殖等研究。

九游j9登陆 优势

  • 1. 生信分析内容丰富 九游j9登陆 RRBS基于文章中高频出现的分析内容，搭建DNA甲基化与转录组关联分析。
  • 2. 周期快、质量好、稳定性高 九游j9登陆 RRBS用先进的Illumina平台测序，实现 快速、稳定的测序数据分析及交付，HPC）结合，并与高性能计算平台（High Performance Computing。Alternate Text

    • PE150

      测序读长

    • ≥80%

      测序质量Q30

    • 20,280个

      物理核数

    • 1,727T flops

      项目经验

    • 400TB

      总内存

    • 58.6PB

      总储存
  • 3. 方案设计专业，以保障高质量研究成果，并采用主流软件bismark 进行分析... 从材料 选取，每一步都经过科学、缜密的设计，要求重亚硫酸盐转化效率99%以上，质控严格 九游j9登陆 RRBS建库加入阴性对照λDNA，到数据分析，建库测序。

    材料选取

    DNA样品

    文库构建
    甲基化文库

    PE150测序

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富 九游j9登陆已经成功完成对猪。牛，人，助力客户在Journal of Agricultural and Food Chemistry等权威杂志发表多篇高水平文章，大鼠，小鼠等物种进行简化甲基化测序分析，羊。

信息分析

九游j9登陆RRBS实现单碱基分辨率的甲基化位点准确 定位，实现高效分析DMR及相关基因的功能分析，快速准确找到差异位点。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤低质量数据，保证数据质量
与参考基因组比对 比对率和覆盖度分析
甲基化位点calling 分析甲基化位点
甲基化分布 甲基化在基因组，染色体，功能与元件上的分布
差异甲基化分析 寻找 DMR
相关基因分析 相关基因GO，KEGG 富集分析
多样本分析 PCA 分析多样本甲基化变化规律

关联分析

通过DNA甲基化与基因表达进行关联分析，样本中的哪些基因的表达受到DNA甲基化修饰的影响以及对应的基因的功能，可以帮助我们了解DNA甲基化修饰与RNA表达是否存在相关性。因此RRBS和转录组的联合分析广泛应用于疾病研究。生物性状等多种领域。 基于多组学文章中的应用场景和经验。九游j9登陆搭建了内容丰富的甲基化与转录组关联分析流程，以助力科研者们发表高分文章。
DNA甲基化与RNA-seq关联分析 1. 整体上的关联，主要从染色体层面基因甲基化水平与表达水平分布，基因上下游层面甲基化水平与表达水平分布两个方面来展示DNA甲基化修饰与基因表达的关系
2. DMR相关基因表达与甲基化修饰，以甲基化分析得到的DMR相关基因为主体，以不同形式展示其表达与甲基化修饰的关系
3. DMR相关基因与差异基因联合分析，将DMR相关基因与转录组分析得到的差异基因取交集，以不同的形式展示交集基因的甲基化水平和表达量及其注释信息
4. DMR相关基因与差异基因功能分析，主要是基于基因集合间求交集并进行GO和KEGG富集分析

送样建议

样本类型 送样建议
新鲜动物组织 ＞200 mg
新鲜培养细胞数量 ＞107个
全血 ＞2 mL

常见问题

  • 1.为什么RRBS数据分析中样本的CG含量较低?

      由于样品在建库时使用bisulfite处理后。后期PCR后进一步转化为T，因此甲基化项目CG含量偏低是正常的，非甲基化的C转化为U。

  • 2.为什么 RRBS 主要应用于人、鼠、猪等高等哺乳动物？

      RRBS 用 MspI 酶切将 CpG 位点富集出来进行测序、该酶的酶切位点为 CˇCGG，而不适用于CHG与CHH序列环境的检测。 高等哺乳动物中 DNA 甲基化主要发生在5’-CpG-3’二核苷酸的胞嘧啶上，植物中许多物种的甲基化信息位于CHG与CHH序列环境。

拓展材料

更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com

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