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WGS全基因组脱靶检测

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WGS全基因组脱靶检测——基于CAS9的脱靶检测高级分析

  • WGS全基因组脱靶检测：

    对具有参考序列（Reference Sequence）的不同个体，对全基因组范围内发生的SNPs和InDels进行准确分析，利用生物信息学， 采用WGS方法进行全基因组测序。

  • 检测全面、精准分析：

    全基因组范围内进行广泛扫描，准确检测编辑信息。

应用方向

  • 筛选脱靶位点

    CRISPR/Cas9 技术对细胞系进行编辑后、药物筛选所得表型但是靶点未发生编辑，寻找脱靶位点；筛选全基因组内是否存在其他脱靶位点。

  • 寻找插入位置

    在基因组中随机插入一段序列，需要明确插入位置的研究。如：CRISPR/Cas9 敲入技术或转基因插入研究。

  • 队列研究

    疾病与风险因素、遗传特征等研究。

  • 癌症疾病

    肿瘤、免疫病等研究。探究肿瘤进化机制、寻找肿瘤治疗靶标、高效探索药物机制、开发联合用药等。

  • 动植物研究

    性状筛选。

九游j9登陆 优势

  • 1.专业背景强

    基于成熟的生物信息分析人才，专业的项目分析，在全基因组范围内对编辑位点和脱靶位点，并且针对于感兴趣片段进行准确定位，可以根据客户不同要求分析个性化内容，进行准确的定位分析。

  • 2.物种经验丰富

    九游j9登陆不仅对人。小鼠等物种进行全基因组脱靶检测分析，还在烟草、大豆、油菜、食蟹猴等物种中有项目经验！ 助力客户发表更高水平的文章，大鼠。

  • 3.科学方案设计

    从建库测序、到数据分析，以保障高质量研究成果，每一步都需要科学、缜密的设计。

    DNA
    （0.6μg）

    文库构建
    （DNA小片段文库）

    测序
    （PE150）

    生物信息分析

信息分析

产品 分析内容
基因敲除 1. 数据质控
2. 测序深度、覆盖度统计
3. SNP/Indel 检测、注释及统计
4. 特有 SNP/Indel 检测
5. sgRNA 同源区域筛选
基因插入 1. 数据质控
2. 测序深度、覆盖度统计
3. SNP/Indel 检测、注释及统计
4. 将插入序列 mapping 到参考基因组中，确定基因插入到染色体上的位置

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样本类型 送样建议
动物组织样本 ≥ 0.5g
植物组织样本 ≥ 0.5g
核酸DNA 浓度>60ng/μl，体积大于10μl
细胞 ≥ 5×10 6
全血 ≥ 1.5mL

常见问题

  • 1.全基因组敲除脱靶检测对于物种是否有限制?

    • 有参二倍体物种，使用 CRISPR/Cas9 技术进行基因敲除后得到的样本，均可以进行检测。不接受菌类物种。

  • 2.基因敲除脱靶检测同源区域是根据什么进行筛选的?

    • 筛选根据靶点的序列。筛选出同源区域后，在全基因组内寻找同源序列，也就是 sgRNA 对应的20 bp左右的序列，重点关注同源区域内部的 SNP 和 Indel 序列。

  • 3.插入分析与敲除分析的区别?

    • 两种分析是基于前期编辑类型的不同，造成分析内容有所不同。插入分析主要在于查找外源基因/片段插入到基因组上的位置； 敲除分析主要查找脱靶位点，分析编辑模式。

  • 4.是否能对插入基因进行拼接?

    • 不能进行拼接，通过 reads 同时 mapping 到参考基因组及插入基因上来判断插入基因组的位置。

  • 5.基因插入的全基因组检测，是否需要提供 control 组样本?

    • 不需要提供，数据分析时直接与参考基因组进行 mapping。

拓展材料

  • 收藏好文

    重磅 | 推出基于CAS9的脱靶检测高级分析！

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客服 : 400-658-1585

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