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肿瘤新抗原预测

肿瘤新抗原又称为肿瘤特异性抗原(Tumor-specificantigen,TSA),有比较强的肿瘤特异性和较高的免疫原性,且仅表达于肿瘤细胞,是由肿瘤细胞产生的体细胞突变。因为其诱导自身免疫疾病的风险较低。成为现阶段的研究热点,肿瘤新抗原为免疫治疗提供了新的方向。 九游j9登陆依托国际领先的测序平台及生物信息分析平台成功推出 NovoNeoantigen 肿瘤新抗原预测服务、实现对肿瘤新抗原的精准预测,通过对肿瘤组织与正常对照样本的全外显子组测序(WES)数据和肿瘤组织的转录组测序(mRNA-Seq)数据进行分析。

全面的结果分析

NovoNeoantigen 基于配对样本的全外显子组数据和肿瘤组织的 mRNA-seq 数据、并得到肿瘤突变负荷(TMB)、SNV phasing、HLA 分型和抗原亲和性的结果,对三种变异类型(SNV,最终筛选预测肿瘤特异性抗原,InDel and Fusion)的变异结果进行进一步分析。

可靠的性能验证

NovoNeoantigen 通过对已知基因突变引起的新抗原数据进行验证,保证可靠的数据分析。

极致的周期体验

NovoNeoantigen 可灵活提供两种交付周期:即从样本接收到分析结果的全流程服
务、只需 6 个工作日,只需 24 个工作日;从客户提供的原始数据到分析结果的纯分析服务。

产品参数

测序策略 NovaSeq 6000 , PE150
样本要求 • FFPE 切片:≥ 10 张 (4 μm),单张面积 ≥ 25 mm2
• FFPE 蜡块:≥ 1 块
• 新鲜组织:≥ 300 mg
• 血液:≥ 2 ml
Raw Data
要求
• 全外显子组测序:
肿瘤样本建议测序深度 ≥ 200 X
正常样本建议测序深度 ≥ 100 X
• RNA 测序:
FFPE 肿瘤样本测序数据量 ≥ 12 G
新鲜组织样本测序数据量 ≥ 9 G
• 数据格式:
FASTQ 和 BED 文件
交付周期 • 样本接收到交付分析结果:24 个自然日
• 原始数据到交付分析结果:6 个自然日

生信流程

● 通过 WES 数据分析准确预测所有的 HLA-I 型分子和 6 种 HLA-II 型分子(包括 DQA1, DQB1, DPA1, DPB1, DRB1, and DRB5); ● 结合 WES 和 mRNA-Seq 数据检测 SNV、InDel 和 Fusion 三种变异类型和相应基因表达水平,同时在 SNV 预测的过程加入了 phasing 方法,提高预测灵敏度,并可提供TMB 的结果; ● 根据数据分析结果预测肿瘤特异性新抗原。

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