基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
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蛋白组学分析>
代谢组学分析>
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转化医学及临床试验服务>
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遗传图谱—精确构建连锁遗传图
遗传连锁图谱(Genetic linkage map):又叫连锁图谱(Linkage map),指分子标记在染色体上的相对位置,用遗传距离来衡量距离。遗传距离单位是厘摩(cM), 表示分子标记在染色体交换过程中的重组频率。遗传图谱分析方法:
1. 高密度遗传图谱
以连锁遗传中染色体的交换和重组为基础,通过连续多次两点或三点测验等方法计算出交换值,绘成连锁遗传图,确定位于同一染色体基因的相对位置的距离。2. 多倍体遗传图谱
多倍化是植物的进化驱动力之一、基于多倍体物种在生长活力、生物量积累和抗逆适应性等方面的优势,其遗传图谱的构建相比于二倍体要复杂得多,一直较难破译的多倍体物种。九游j9登陆针对多倍体物种开发的图谱构建流程已助力科研论文成功发表。 图3 多倍体遗传图谱应用方向
1. QTL定位与功能挖掘
通过表型性状与标记间的连锁分析来确定QTL在染色体上的位置、效应,进而实现性状相关基因的挖掘。2. 辅助基因组组装
通过表型性状与标记间的连锁分析来确定QTL在染色体上的位置、效应,进而实现性状相关基因的挖掘。3. 比较基因组学分析
通过表型性状与标记间的连锁分析来确定QTL在染色体上的位置、效应,进而实现性状相关基因的挖掘。4. 分子标记辅助育种
通过表型性状与标记间的连锁分析来确定QTL在染色体上的位置、效应,进而实现性状相关基因的挖掘。九游j9登陆 优势
1.高速度 高密度 高质量
基于全基因组重测序或简化基因组测序的检测方法、 测序数据和上图标记质量高,已广泛应用于各种模式和非模式生物遗传图谱构建,可一次性快速开发大量的分子标记,可获得高饱和或者超密度遗传图谱。2.高质量测序数据,高性能计算平台
BSA性状定位采用先进的高通量测序平台、快速、高效地读取高质量的测序数据。 九游j9登陆高性能计算平台(High Performance Computing、HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的 测序数据分析及交付。随着公司业务的发展。高性能计算平台将会持续 更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。PE150
测序读长≥85%
测序质量Q3020,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存3.出色完成每一个项目环节
至2021年12月,九游j9登陆已对畜牧、作物、果蔬、花卉、普通植物、水产等上百个物种进行了遗传图谱构建。“科学 的方案设计,丰富的项目经验,助力科学研究,严格的质控管理,专业的分析团队,优质的项目服务” 确保每一个环节都能出色完成。50人
分析团队10年
项目经验300+
结题项目1对1
项目服务4.科学方案设计
从材料选取,以保障高质量研究成果,每一步都需要科学、缜密的设计,建库测序,到数据分析。材料选取
群体类型
F1、F2、BC、
RILs等
群体大小
≥150
WGS(350bp文库)
亲本:10-30×/个
子代:≥5×/个
子代GBS
Tag≥10万/RAD
测序≥1×/个
信息分析
信息分析
利用全基因组或简化基因组测序技术、开发SNP标记,基于SNP标记进行连锁分析,构建高密度遗传图谱。除SNP标记外,还可加入InDel等标记进行构图。全基因组重测序(WGS) | 简化基因组测序(GBS) |
---|---|
测序数据质量评估 | 测序数据质量评估 |
与参考基因组比对 | 与参考基因组比对(有参) 与拟参考基因组比对(无参) |
群体SNP检测及注释 | 群体SNP检测及注释 |
遗传标记开发及过滤 | 遗传标记开发及过滤 |
遗传图谱构建及质量评估 | 遗传图谱构建及质量评估 |
常见问题
1. 亲本如何选择?
2. 构建图谱的软件有哪些?各有什么区别与联系?
3. 不同群体如何选择上图标记?
4. 图谱质量判定标准有哪些?
5. 常用的QTL作图软件有哪些?各有什么不同?
软件 | WinQTL | MapQTL | IciMapping | QTLNetwork |
---|---|---|---|---|
适用群体 | BC、DH、RIL、F2 | F1、F2、RIL、BC、DH | BC、DH、RIL、F2 | F2、RIL、BC、DH |
标记限制 | 每条染色体不高于1000 | 总数不高于7000 | 10000以内 | 无限制 |
定位方法 | IM、CIM、MIM | IM、MQM | IM、ICIM | MCIM |
定位结果 | LOD、贡献率、加性效应、显性效应 | LOD、贡献率、加性效应显性效应 | LOD、贡献率、加性效应、显性效应、上位性效应 | LOD、贡献率、加性效应、显性效应、上位效应 |
参考文献
[1] Gu Q , Ke H , Liu Z , et al. A high-density genetic map and multiple environmental tests reveal novel quantitative trait loci and candidate genes for fibre quality and yield in cotton[J]. Theoretical and Applied Genetics, 2020.更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
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