• 客户服务系统CSS
  • |
  • |
九游j9登陆

 > 

科技服务

 > 

表观组测序

CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术

  • CUT&Tag技术是一种研究蛋白质-DNA互作的新方法。该技术使用磁珠吸附活细胞,利用digitonin增加细胞膜通透性。靶蛋白特异性抗体(一抗)进入细胞与靶蛋白结合,二抗孵育放大信号,pA/G-Tn5融合蛋白与一抗和二抗结合。把转座体间接的固定在靶蛋白上。Mg2+激活Tn5酶。切割靶标区域。由于Tn5连有测序接头。在打断的同时直接在片段化的 DNA 两端添加接头,最终通过PCR扩增获得完整的文库。
  • 热点技术:

    相比传统ChIP-seq技术、CUT&Tag是全方位的升级,如起始量、信噪比、样本重复性等。
  • 起始量低:

    相比传统ChIP-seq技术、极大地减少样本使用量。
  • 信噪比高:

    实验材料无需进行甲醛交联,产出数据信噪比高。

应用方向

1. 应用于蛋白质与DNA互作研究
2. 检测组蛋白修饰在基因组上分布位点
3. 鉴定转录因子在全基因组上的结合位点
4. 超级增强子鉴定

九游j9登陆 优势

  • 1. 性价比较高

    较少的测序数据即可获得丰富的数据。
  • 2. 实验重复性好

    样本不受甲醛交联引起的表位遮蔽影响。
  • 3. 样本起始量低

    所需细胞量较少,最低可做至1000个细胞。
  • 4. 专业严谨,保证高质量数据产

    九游j9登陆从样本处理。DNA纯化,抗体富集,保障高质量数据产出, 到数据分析,每一环节都经过优化和数据验证,Tn5酶切割,建库测序。

    寄送样本和一抗

    样本检测

    实验建库

    上机测序

    数据分析

信息分析

九游j9登陆CUT&Tag测序项目。 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰,通过对获得的高质量reads,高效预测相关基因,进行Peak calling及motif分析。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤低质量数据,保证数据质量
与参考基因组比对 reads分布及比对结果可视化
Peak calling 分析蛋白结合位点
motif分析 蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释 寻找蛋白潜在调控基因
差异peak分析 分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析 相关基因GO,KEGG富集分析

关联分析

CUT&Tag与RNA-seq关联分析

1. 整体层面的关联

1.1 整体信号分布展示

1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示

1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图

1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图

2.差异表达基因对应表观信号分布

2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号

2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图

2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图

3.差异峰区域相关的基因表达变化情况

3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图

3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图

4. 差异峰区域与差异表达基因的关联
4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图
4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图
4.3 GO富集分析
4.4 KEGG富集分析

送样建议

高等哺乳动物的冻存细胞 高等哺乳动物的冻存组织
>40万,建议复苏后活性>80% >40mg
ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送 样要求请详询各地区销售技术人员。
  • 一抗建议:

      请选择ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。

常见问题

  • 1.CUT&Tag接收样本的物种有什么要求?

      CUT&Tag目前可接收动/植物等真核样本,冻存/新鲜状态均可,具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。

  • 2.客户有动物组织,建议消化成原代细胞送样还是将组织冻存送样?

      建议寄送冻存组织。CUT&Tag对细胞的活性要求较高、冻存复苏后的细胞活性很难达到送样要求,原代细胞通常活性偏低,建议将新鲜组织清理冻存,及时送样。

  • 3.CUT&Tag和ChIP-seq有什么区别?

      从建库流程角度、不需要对样本进行甲醛交联,且无需后续的解交联步骤,后使用Tn5转座酶切割片段并添加接头, 使用beads吸附活细胞的状态下先进行一抗孵育,CUT&Tag要求的细胞起始量远低于ChIP-seq。即样本起始量、 样本状态、抗体孵育、核酸片段化等步骤原理和ChIP-seq均不相同。从结果上看。可重复性更好,CUT&Tag的数据信噪比更好。

  • 4.抗体应该如何选择?

      CUT&Tag的数据产出主要取决于样本量、一抗特异性和一抗的靶点丰度。一抗需要客户提供商品化的ChIP级别的一抗原液, 项目结束后可寄还剩余一抗。如需公司提供二抗,则限定鼠/兔源的一抗,如无需使用公司二抗,则需要老师提供二抗。

拓展材料

  • 收藏好文

    从分子到性状,表观修饰组学怎么选?
  • 线上课程

    转录调控多组学拓新应用 专题研讨会

更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585,或发送邮件至 service@novogene.com

Copyright@2011-2023 All Rights Reserved    版权所有:九游j9登陆    京ICP备15007085号-1

一对一业务咨询

一对一业务咨询

在线客服

联系方式

联系电话

400-658-1585

企业邮箱

service@novogene.com
返回顶部
"); let title = html.substr(tit_startIndex + 7, tit_endIndex - tit_startIndex - 7) document.title = title //修改右侧href $(".content-right").find(".contentTab a").each(function () { var href = $(this).attr("href"); if (href.indexOf("addTabRightUrl") < 0) { href = "javascript:addTabRightUrl('" + href + "')"; $(this).attr("href", href); } }); $(".content-right").find(".contentTab select").each(function () { $(this).attr("onchange", "addTabRightUrl(options[selectedIndex].value)"); }); Fflc_Style() /*20220610 添加的*/ TuPianFangDa() MaoDianDingWei(); return; }) } //点击右侧切换效果 function addTabRightUrl(url, tzlx) { if (tzlx != null && tzlx != undefined && tzlx != "") { if (tzlx == "bhleftdh") { window.open(url,"_blank"); return; } } $.get(url, function (data) { var html = ""; if (data == undefined || data == null || data.length < 1) { html = ""; return; } html = data; var startIndex = html.indexOf(""); var endIndex = html.indexOf(""); $("code").html(html.substr(startIndex + 6, endIndex - startIndex - 6)); $(".banner").html($(html).find(".banner").html()); $(".linkurl").html($(html).find(".linkurl").html()); $(".content-right").html($(html).find(".content-right").html()); //获取title var tit_startIndex = html.indexOf(""); var tit_endIndex = html.indexOf(" "); let title = html.substr(tit_startIndex + 7, tit_endIndex - tit_startIndex - 7) document.title = title //修改右侧href $(".content-right").find(".contentTab a").each(function () { var href = $(this).attr("href"); if (href.indexOf("addTabRightUrl") < 0) { href = "javascript:addTabRightUrl('" + href + "')"; $(this).attr("href", href); } }); $(".content-right").find(".contentTab select").each(function () { $(this).attr("onchange", "addTabRightUrl(options[selectedIndex].value)"); }); Fflc_Style() /*20220610 添加的*/ TuPianFangDa() MaoDianDingWei(); return; }) } /*20220610 添加的*/ //设置经典案例的方法流程的样式 function Fflc_Style() { var screen_width = window.screen.width; var screen_height = window.screen.height; //根据屏幕分辨率判断是否是手机 if (screen_width < 600 && screen_height < 1000) { //是手机端的话 var liuchenglist = $("div.content-right > div.content-content div.pReset_div2>div.pReset_div2_d") console.log(liuchenglist.length) if (liuchenglist.length % 4 == 0 && liuchenglist.length > 0) { $("div.content-right > div.content-content div.pReset_div2>div.pReset_div2_d").each(function () { $(this).css({ "min-width": "22%", "fontSize": "20px" }) }) } } } /*20220610 添加的*/ function MaoDianDingWei() { if ($(".syjy-mulu p>a").length > 0) { $(".syjy-mulu p>a").click(function () { $("html,body").animate({ scrollTop: $($(this).attr("href")).offset().top - 300 }, 500) }) } if ($(".syjy-mulu-v2 p>a").length > 0) { $(".syjy-mulu-v2 p>a").click(function () { $("html,body").animate({ scrollTop: $($(this).attr("href")).offset().top - 300 }, 500) }) } }