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转录调控测序

医学转录组测序

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送样建议

医学转录组—剖析人和小鼠的mRNA信息

医学转录组测序采用Illumina测序平台、针对特定物种人和小鼠的组织或细胞在某个特定状态下转录的所有mRNA进行测序，既可全面快速地获得mRNA序列和表达丰度信息，又可进行融合基因、可变剪切等结构分析，与参考基因组比对。

应用方向

  • 肿瘤发生发展

    寻找研究对象重要性状或表型，如用于癌症检测或预后 biomarker 的发现

  • 疾病致病机理

    疾病研究-寻找到研究对象重要的生物标志物(biomarker)

  • 差异表达

    寻找不同处理导致差异性状或表型相关联的主要功能基因，例如不同药物治疗引起的基因表达模式变化

  • 生长发育

    寻找研究对象时序性变化的主控因素，例如小鼠胚胎发育过程、患者持续给药治疗等

九游j9登陆 优势

  • 1. 样本起始量低

    RNA 0.4 μg/建库

  • 2. 周期快、质量好，稳定性高

    九游j9登陆 医学转录组测序基于先进的测序平台，深度挖掘转录本结构信息，系统全面的分析组织或细胞在特定条件下转录所得所有mRNA信息，助力医学研究。

    • ≤30

      样本量

    • 18天

      项目周期

    • NovaSeq 6000

      测序平台

    • PE150

      测序读长

    • ≥85%

      测序质量Q30

  • 3.方案设计专业，质控严格

    九游j9登陆 医学转录组测序严格要求测序数据质量：Q20＞90％、Q30＞85％。从材料选取、以保障高质量研究成果，到数据分析， 每一步都经过科学、缜密的设计，建库测序。

    材料选取

    RNA样品
    ≥ 400ng

    文库构建

    PE150测序
    6~12Gb

    信息分析

    同时九游j9登陆高性能计算平台（High Performance Computing。实现快速稳定的测序数据分析及交付，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合。随着公司业务的发展、以保证高效的数据处理和安全的数据存储， 高性能计算平台将会持续更新并扩容。

  • 4. 项目经验丰富

    至2021年12月、已在Cell Stem Cell 、Nature Structural & Molecular Biology、Genome Research、Nature Communications等权威期刊发表多篇高水平文章，九游j9登陆已与协和医学院、安贞医院、北京天坛医院等遍布全国范围的多家医院建立了良好的合作关系，进行了深入合作。

    • 80人

      分析团队

    • 10年

      项目经验

    • 20000+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

九游j9登陆医学转录组测序项目信息分析。经过严格数据质控保证数据分析可靠性，信息分析分为表达水平分析和结构水平分析。表达水平分析包括基因表达量分析、相关性分析、差异基因及其富集分析、GSEA分析、WGCNA分析等、结构水平包括可变剪切分析、变异位点分析、融合基因分析等。同时新增高级医学转录组测序、对机体免疫因子机制的探究更具有意义和实用价值，细化研究免疫微环境的组成，应用转录组数据对肿瘤样本进行免疫相关分析。高级分析包含肿瘤纯度与评分、肿瘤微环境和免疫表型评分等。
有参转录组 分析内容 解决问题
标准分析 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据，保证数据质量
与参考基因组比对 比对率分析
基因表达水平分析 分析基本的表达量
样本相关性分析 分析样本间的相关性大小
差异基因分析 寻找不同比较组合间的差异基因
GO/KEGG富集分析 差异基因的GO，KEGG富集分析
DO富集分析 差异基因的DO富集分析
DisGeNET富集分析 差异基因的DisGeNET富集分析
Reactome富集分析 差异基因的Reactome富集分析
蛋白互作网络分析 差异基因蛋白互作网络的分析
GSEA分析 基因集富集分析
WGCNA基因共表达网络分析 分析模块与样本间的相关性，寻找关键模块和hub基因
可变剪切分析 不同样本间可变剪接事件的差异分析
SNP/Indel分析 分析变异位点
融合基因分析 进行融合基因的检测与分析
高级分析 肿瘤纯度与评分 计算获得肿瘤纯度与评分
肿瘤微环境-xcell 对肿瘤微环境相关细胞的占比评估
免疫表型评分 评估免疫相关因子

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

组织类型 送样建议
新鲜组织（人和小鼠） ≥200 mg
新鲜血液（加三倍trizol） ≥5ml
新鲜培养细胞 5×106个
石蜡切片（FFPE） 厚度在5-10μm，含组织面积大于25mm2的切片12张

常见问题

  • 1.医学转录组测序中血液样本送样，有哪些注意事项?

    • 医学转录组测序的血液样本采血建议使用EDTA抗凝管进行采血。液氮速冻，-80℃保存，可离心分离出白细胞、单个核细胞进行送样，干冰运输，或全血直接加三倍trizol等方法进行处理。

  • 2.医学转录组测序标准分析和DGE分析的关系是什么？

    • 医学转录组测序的标准分析和DGE分析主要的差别在于分析内容上。标准分析除了差异基因富集分析外，还可以进行基因结构分析。而DGE就是数字基因表达谱、一般只分析差异基因，不进行基因结构分析。

  • 3.医学转录组测序的肿瘤样本准备时需要注意哪些事项？

    • 由于肿瘤样本活性较高，不利于进行医学转录组测序，RNA在常温条件下短时间内会几乎全部降解。因此、充分浸润后，-80℃保存，立即放到RNAlater中保存， 干冰运输；或者样本取得后立即液氮速冻（要充分），-80℃保存，建议取到肿瘤样本后，干冰运输。尽可能减少组织样本在常温空气中暴露时间，保证RNA的完整性。

拓展材料

更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com

前台 :：027-88180922

客服 : 400-658-1585

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