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转录调控测序

circRNA测序

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circRNA测序—研究circRNA的差异表达如何影响生物学过程

环状RNA（circular RNA, circRNA）是一类特殊的非编码RNA分析。测序采用Illumina测序平台进行测序， 环状RNA测序在医学、农学研究领域应用越来越广泛，针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定以及来源基因的分析。

  • 高效：定量准确、检出率高：

    基于高通量测序，依据主流数据库和circRNA鉴定软件，分析项目物种的circRNA信息，深入挖掘circRNA在转录调控中所发挥的
    重要功能。

应用方向

circRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。

  • 生长发育

    人、小鼠、果蝇等细胞、组织生长发育研究。

  • 癌症疾病

    肿瘤、代谢病、免疫病等疾病发生与诊治研究。

  • 植物

    植物胁迫、生长发育、遗传育种等研究。

九游j9登陆 优势

  • 1. 平台优，周期短，性价比高

    九游j9登陆 circRNA测序采用先进的Illumina平台测序。并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。

    • 交付周期<60天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业，质控严格

    九游j9登陆 circRNA测序采用去核糖体及线性RNA方式进行建库，能够有效捕获样品中circRNA，满足同时circRNA差异表达水平的分析以及miRNA结合位点分析。从材料选取。到数据分析，以保障高质量研究成果，每一步都经过科学 、缜密的设计，建库测序。

    材料选取

    提取RNA
    ≥ 2 μg

    文库构建
    链特异性文库

    PE150测序
    8Gb

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    九游j9登陆已经成功完成对人。斑马鱼，西瓜，棉花，水稻，二穗短尾草，鸡，猪，牛，罗非鱼，梨，陆地棉，鸡、兔子，鼠，助力客户在Molecular Therapy等权威杂志发表多篇高水平文章，梅花，烟草，真菌、葡萄等等，杜仲，鸟类，草鱼，绵羊，耗牛， 近百个物种进行circRNA测序分析，海带，树鼩，牙鲆。

    • 80人

      分析团队

    • 7年

      项目经验

    • 400+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

九游j9登陆circRNA测序项目，组织特异性分析，标准分析流程：主要包括质控，筛选，差异分析，鉴定，比对，定量，拼接，miRNA结合位点分析，富集分析，编码潜能预测等等环节。该分析的核心是circRNA 可以通过与 miRNA 结合的方式抑制 miRNA 的功能。因此，有助于进一步研究 circRNA 的功能，对鉴定的 circRNA进行 miRNA 结合位点分析。

关联分析

  • 1.circRNA与miRNA关联分析

    • circRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

  • 2.circRNA、miRNA与mRNA关联分析

    • circRNA具有miRNA结合位点。从而间接地调控基因表达，可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调节作用。基于ceRNA理论， 构建以circRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的circRNA-miRNA- mRNA调控关系，构建ceRNA调控网络，筛选拥有相同miRNA结合位点的circRNA-靶基因对。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样品类型 送样建议 备注
新鲜动物组织 ≥0.8g 脂肪等 RNA 得率低的组织 2 g 以上
新鲜植物组织 ≥1 g 含水量大的组织 1.5~2 g 以上
新鲜培养细胞 ≥5×10 7 去除培养基
新采集的全血 ≥6 ml 血液样品送样前加入 EDTA 抗凝剂
Total RNA建库起始量 ≥2ug

常见问题

  • 1.lncRNA 数据中有多少是circRNA 的数据？

    • 10%左右，不同来源和状态的细胞或组织circRNA 的表达量不同，与细胞的来源和所处状态有关，因为 circRNA 的表达具有组织特异性和时序 性。

  • 2.lncRNA 建库方法的检出率为多大？

    • 15%-27%。有文献报道，RNase R 未处理的检出率是处理后的 24%。

  • 3.circRNA 的长度分布是多少？

    • 200-100000nt

  • 4.miRNA结合位点分析具体指什么？

    • miRNA 结合位点分析。预测circRNA通过竞争性结合 miRNA 影响基因的表达;来源基因分析，通过来源基因的变化来预测其功能。

  • 5.circRNA测序都可以和哪些数据联合分析？

    • circRNA 产品可以和转录组、甲基化产品联合分析，具体如何分析需根据研究 目的和老师的需求制定个性化分析，miRNA 。

  • 6.为什么需要 8G 这么大的数据量？

    • 8G 的数据量是为了保证低表达的circRNA 的检出。继续增大数据量，还会一定程度增 加circRNA的检出数量。

拓展材料

  • 收藏好文

    环状RNA

  • 线上课程

    九游j9登陆，源聚于新——转录调控多组学拓新应用专题研讨会

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