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转录调控测序

宏转录组测序

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宏转录组—捕捉微生态微环境活性微生物动态变化

  • 宏转录组测序：

    （Metatranscriptome Sequencing/ Metatranscriptomics）从整体水平研究特定环境中所有群体基因组转录情况和调控规律，以微生态微环境中全部RNA为研究对象，挖掘发挥功能的活性基因， 结合高通量测序从转录水平研究复杂微生物群落变化。

  • 全面高效：

    高通量全面捕捉微生态环境中所有生物转录本。剖析微生物多样性组成及动态变化，筛选活性功能基因，鉴定优势物种与活性微生物。

  • 分析多样：

    针对不同研究需要研发两套分析流程。一套针对微生物多样性与功能基因表达情况的分析；一套针对于微环境中病毒鉴定与功能的研究。

应用方向

  • 医药领域

    病毒鉴定、人体微生物与疾病/癌症关系的研究、分子标志物和药物靶点的鉴定与筛选等

  • 生态领域

    研究胁迫环境下微生物的机体响应机制

  • 工业领域

    微生物活性物质开发、生物能源、环境污染监控与生物修复等

九游j9登陆 优势

  • 1. 样本起始量低

    RNA 1μg/建库

  • 2. 周期快、分析全，稳定性高

    九游j9登陆 宏转录组采用先进的Illumina平台测序，实现快速、稳定的测序数据分析及交付，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合。

    • ≤30

      样本量

    • 60天

      项目周期

    • PE150

      测序读长

    • ≥85%

      测序质量Q30

  • 3.质控严格，分析流程多样

    九游j9登陆 宏转录组建库要求去除核糖体的方式提高有效数据占比。到数据分析，建库测序，并采用主流软件Trinity进行后续分析， 每一步都经过科学、缜密的设计，针对不同需求配置高级分析... 从材料选取，以保障高质量研究成果。

    材料选取

    RNA样品
    ≥ 1 μg

    文库构建
    普通文库

    PE150测序
    5~10Gb

    信息分析

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    九游j9登陆已经成功完成对土壤/水体富集的菌体、淤泥、沉积物等多种微环境样本、肠道内容物、拭子、粪便、体液、发酵物、食品等多种类型样本的宏转录组测序分析。涉及物种包括人、 大小鼠、绵羊、牛、鸡、鱼、蜱虫、蜜蜂、珊瑚虫、蜘蛛、西洋参、油茶、矮紫衫、地衣、海绵等近百个物种、助力客户在Microbiome等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计、助力科学研究，确保每一个环节都能出色完成，丰富的项目经验， 严格的质控管理，专业的分析团队，优质的项目服务”。

    • 80人

      分析团队

    • 7年

      项目经验

    • 1000+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

九游j9登陆宏转录组测序项目。多样品间的比较分析等，还进行物种注释及分类分析，不仅进行基因表达情况分析。此外、九游j9登陆提供个性化分析的服务，可以根据客户需求定制分析内容。
WGBS 分析内容 解决问题
标准分析 数据过滤与质控 过滤掉低质量数据，保证数据质量
Tinity拼接 测序数据拼接成长的转录本
Nr数据库比对 注释活性物种、挖掘优势物种或差异物种、分类鉴定
功能注释（GO、KEGG、eggNOG、CAZy） 物种与功能注释
基因表达水平分析 进行定量与差异分析
GO富集、KEGG富集 核心基因GO，KEGG功能富集分析

关联分析

通过宏转录组与宏基因组、16s进行比较、挖掘活性微生物；与代谢组进行关联分析， 寻找相关代谢通路，可以帮助我们了解DNA与RNA层面的共有与差异物种，挖掘活性物种或核心基因与代谢物之间的关系。目前，由于微生物的多样性与复杂性，依据课题建议选取关注的物种或基因群进行后续相关的分析，九游j9登陆可以提供相应的个性化分析服务。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

组织类型 送样建议
新鲜动物组织 ＞500 mg
新鲜植物组织 ＞800 mg
新鲜培养细胞数量 ≥107个
菌体 ＞1.5g

常见问题

  • 1.宏转录组一般推荐多少数量?

    • 粪便或肠道内容物，推荐5G数据量；
      环境类样本比如土壤、水体，推荐10G数据量；
      组织类等宿主占比较高的样本，推荐至少10G数据量。
      建议根据研究目的来选择数据量。

  • 2.宏转录组生信分析内容中包括物种注释及差异基因分析吗？

    • 包括。在我们的标准分析流程中，包括物种注释及差异基因的分析内容，以及物种与基因两个维度的功能注释。同时。包括已知病毒的鉴定和分析，九游j9登陆还推出针对于病毒的宏病毒组 分析内容，根据不同的分析需求。另外。针对不同研究方向，九游j9登陆也提供个性化分析的服务。
      九游j9登陆拥有专业的设计方案、严格的质控管理、专业的分析团队，助力您的科学研究，丰富的项目经验，优质的项目服务，确保每一个环节都能出色完成。

拓展材料

  • 收藏好文

    宏转录组揭示微环境群落优势物种及表达图谱

  • 线上课程

    源聚于新-宏转录组在微环境中的分析应用与数据挖掘

更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com

前台 :：020-89048364

客服 : 400-658-1585

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