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RIP-seq—RNA-蛋白质相互作用研究技术

  • 研究细胞内RNA与蛋白结合情况，在全转录组范围内研究被特定蛋白特异结合的RNA区域或种类，通过Illumina测序，分离RNA，采用特异抗体对RNA结合蛋白或者特殊修饰的RNA进行免疫共沉淀后，以RNA免疫共沉淀（RIP）为基础。

  • 抗体类型丰富：

    具有多种商品化抗体，高效支持实验开展。

应用方向

  • 全转录组范围内揭示RNA分子与RBP(RNA Binding Protein) 相互作用。

九游j9登陆 优势

  • 1. 物种经验丰富

    九游j9登陆已经成功完成对人、小鼠、猪、水稻、拟南芥、玉米、烟草、棉花等物种进行RIP-seq分析。

  • 2. 生信分析内容丰富

    九游j9登陆 RIP-seq基于文章中高频出现的分析内容，搭建RIP-seq与RNA-seq关联分析。

信息分析

九游j9登陆RIP-seq测序项目。获得高质量reads，通过对IP下来的合格RNA样本，进行peak calling，建库测序，对peak相关基因进行功能富集分析。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据，保证数据质量
与参考基因组比对 唯一比对的 reads 分布统计
peak calling 分析蛋白结合位点
样品间相关性分析 判断实验分组设计是否合理
motif分析 蛋白结合序列的偏好性
peak峰相关基因注释 寻找蛋白潜在调控或者结合的基因
差异peak分析 分析不同样本间差异peak峰
相关基因功能分析 相关基因GO，KEGG富集分析

关联分析

基于文章高频出现的RIP-seq与RNA-seq关联分析内容，助力高分文章发表，九游j9登陆 搭建了关联分析流程。
RIP-seq与RNA-seq关联分析 1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图
2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析
3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析

常见问题

  • 1. Input和IP样本之间的关系是什么？

    • Input和IP属于两个样本，在前期检测、建库、测序都是平行进行的，并进行后续分析，但是分析中需要将两个样本的测序数据进行整合分析，得出最终的Peak结果。

  • 2.Input是什么？有什么作用？

    • RNA片段化后，需要取一部分做Input对照（不进行免疫沉淀过程），在进行免疫沉淀前。Input是断裂后的RNA，需要与沉淀后的样品RNA一起经过逆转交联， 以及最后的PCR或其他方法检测，RNA纯化。通过后续数据分析，我们可以通过Input对照排除背景噪音（非特异性结合所造成的假阳性Peaks）， 验证RNA断裂的效果和整个实验中IP效果，所以Input 对照是IP-seq实验必不可少的步骤。

拓展材料

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