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MeRIP-seq RNA 的 m6A 修饰
热点研究:
mRNA的m6A修饰。应用方向
1. 不同植物的生物学功能研究: 植物中的m6A RNA修饰,参与调控植物的各方面生物学功能。九游j9登陆 优势
1. 项目文章以及物种经验丰富
九游j9登陆已经成功完成对人、小鼠、猪、牛、鸡、病毒、草莓、番茄、玉米、烟草、棉花等多个物种的MeRIP-seq分析, 助力客户在Hepatology、Nature Communications、Observational Study、Genome Biology、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。2. 全面降低医口样本人、小鼠送样量门槛
九游j9登陆研发微量MeRIP-seq建库技术,total RNA使用量低至2 μg。3. 生信分析内容丰富
九游j9登陆 MeRIP-seq基于文章中高频出现的分析内容,搭建MeRIP-seq与RNA-seq关联分析流程。4. 科学的方案设计
从材料选取、到数据分析,以保障高质量研究成果,建库测序,每一步都需要科学、缜密的设计。信息分析
九游j9登陆 MeRIP 测序项目对质检合格的RNA样本进行IP实验及建库测序,获得高质量 reads,通过 motif 分析判断 IP 的特异性以及分析的可信性,高效预测相关基因,进行功能富集分析,构建m6A修饰图谱。MeRIP-seq | 分析内容 | 解决问题 |
---|---|---|
标准分析 | 测序数据质量评估 | 过滤低质量数据,保证数据质量 |
参考序列比对分析 | 唯一比对的 reads 分布统计 | |
Peak calling | 检出发生 m6A 修饰的可信区域 | |
Motif 分析 | 蛋白结合序列的偏好性 | |
Peak 峰相关基因注释 | Peak 在基因组及转录本功能区上的分布 | |
差异 peak 分析 | 分析不同样本间差异 peak 峰 | |
相关基因功能分析 | Peak 相关基因 GO,KEGG 富集分析 | |
个性化分析、多组学关联分析需联系产品经理进行评估。 |
关联分析
基于文章高频出现的MeRIP-seq与RNA-seq关联分析内容,九游j9登陆 搭建了关联分析流程,助力高分文章发表:MeRIP-seq与RNA-seq关联分析 | 1. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因维恩图 |
2. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析GO 富集分析 | |
3. 差异peak相关基因与mRNA差异基因交集基因分析KEGG 富集分析 |
送样建议
建库方式 | 类型 | 送样建议 |
---|---|---|
常量建库 | 动、植物 | Total RNA≥30 μg |
微量建库 | 人、小鼠 | Total RNA≥2 μg |
常见问题
1.为什么 MeRIP-seq 项目需要同时测 Input 和 IP 样本?
MeRIP-seq 项目中 Input 和 IP 组成一对样品。实验环节 IP 样品用m6A 抗体特异性富集甲基化修饰的 RNA 片段, 而 Input 仅仅是片段化的 RNA 作为对照消减背景噪音,Input 样本需同时进行建库和测序。峰检测分析需整合两个 样本的数据、以提高 Peak Calling 的准确性,并利用 Input 数据排除本底表达水平高或非特异性结合的 Peaks。
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