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UMI转录组测序—精准定量,研究mRNA的功能及调控机制
UMI 转录组测序。标签伴随着片段扩增、测序和分析的全部过程,在保证精准定量的前提下,精确地识别可变剪切位点、基因融合等, 还能发现稀有转录本,在文库扩增前为每一条逆转录的 cDNA 添加唯一的分子标签,又可以提供结构分析,能够既可以检测基因表达水平差异。应用方向
适用于所有普通mRNA建库的替换。医学方向
生长发育机制、免疫过程、药物靶点研究、癌症研究及标志物、微生物感染等农学方向
不同发育阶段、不同组织表达模式;抗逆、抗病等环境适应性研究;物种进化等九游j9登陆 优势
1. 周期快、质量好,稳定性高
UMI 转录组在文库扩增前为每一条逆转录的 cDNA 添加唯一的分子标签、一比一准确还原样本扩增前的原始状态,标签伴随着片段扩增、测序和分析的全部过程,利用 UMI 追溯每一个片段的来源,准确去除 PCR 扩增重复。项目周期35天
测序平台Novaseq
2. 方案设计专业,质控严格
九游j9登陆 UMI转录组测序采用Illumina测序平台,使用 UMI-tools 提取 clean reads 中具有UMI 标签的序列的 reads,全面快速分析 mRNA 序列和丰度信息,统计可变剪切和预测新转录本。材料选取
RNA样品
≥0.4ug
文库构建
UMI 文库
PE150测序
信息分析
3. 项目文章以及物种经验丰富
九游j9登陆已经成功对水稻、玉米、油菜、梭梭、蜜蜂、黄姑鱼、疟原虫、人、大鼠等上百个有 / 无参考基因组的物种进行了 UMI 转录组测序分析。信息分析
UMI测序技术是在建库的时候用包含UMI标签的接头替代普通建库的接头。在测序后可以通过对UMI标签的识别从而准确去除扩增产生的重复达到对基因进行准确定量的目的。分析内容与普通的转录组相同。UMI转录组包含: 数据质控、基因表达、差异以及功能富集和结构分析。通过数据分析。然后进⼀步探究这些特异性基因的生物学意义,协助研究者从海量数据中找出与条件相关的特异性基因。关联分析
1.mRNA与LncRNA关联分析
2.mRNA与miRNA关联分析
3.mRNA与circRNA、miRNA关联分析
4.lncRNA、miRNA与mRNA关联分析
5.mRNA与Ribo-seq关联分析
送样建议
样品类型 | 送样量 |
---|---|
新鲜植物组织 | ≥150mg |
新鲜动物组织 | ≥100mg |
新鲜培养细胞 | ≥1×10 6 |
菌体 | ≥1×10 6或≥100mg |
新采集的全血 | ≥3 ml |
Total RNA建库起始量 | ≥0.4ug |
常见问题
1.造成mapping率较低的原因可能有哪些?
2.新基因预测的意义?
更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
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