宏基因组测序-九游j9登陆-微生物DNA测序

宏基因组测序（二代）

宏基因组测序—环境微生物研究

宏基因组学（Metagenomics），又称元基因组学，是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，直接提取环境样本DNA进行测序，无需分离培养，已广泛应用于微生物领域，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等。

应用方向

九游j9登陆优势

1.周期短，通量高，信息全
九游j9登陆宏基因组研究采用先进的Illumina测序平台，充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因，结合样品特点和数据的产出，选取较好组装效果。具有“周期短、通量高、信息全”的优势，已广泛应用于土壤、海洋等研究中。
2. 提取经验丰富
粪便、土壤、水体滤膜、发酵液、口腔拭子等，数万例样品的提取经验
3. 组装效果多样
采用单样本组装和混合组装两种模式，充分挖掘低丰度物种信息；
- 60人+
  分析团队
- 8年+
  项目经验
- 5000+
  结题项目

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，采用二代测序技术，获得群落微生物基因信息总和，直接提取群落样本的DNA。

高级分析	解决问题
CAG／MLG分析	疾病和菌株关联研究
噬菌体	噬菌体及前噬菌体预测及分析

送样建议

样本类型	建议送样量	最低送样量
土壤/污泥/沉积物/腐殖质	3g	1g
水体滤膜（孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm）	3张	1张
空气滤膜（直径种类多，与采样器搭配，有明显颜色沉淀在滤膜上）	3张	1张
拭子	5-10个	3个
瘤胃液／发酵液／组织液／冲洗液（离心有明显沉淀）	3-5mL,沉淀1g	1mL,沉淀0.5g
粪便/肠道内容物	2g(小鼠6-10粒)	0.5g(小鼠3粒)
动物/人组织	1g	0.5g
牛奶／酸奶	30mL／50g	10mL／5g
食糜	2g	1g
食品表面拭子	10个	5个

常见问题

1.做Meta 分析需要有生物学重复吗？
- 自然环境（土壤、水体、发酵物、食品等）: 至少3个生物学重复，推荐5个生物学重复
  体内样本（肠道、粪便、口腔拭子、胃组织样等）：个体特异性高，易出现样本偏离，推荐6-10个重复以上，至少3个重复。
2.粪便样品制备注意事项
- 粪便的保存，可放在-80℃，但是不易操作，根据经验，取内部粪便提取基因组最好。由于粪便自身的特殊性。以便达到较好的DNA提取效果，建议随时收集随时保存。
3. 对于宏基因组项目，怎么排除宿主污染？
- 1. 取样时，尽量不要取靠近组织的部位；
  2. 可采用相应的去宿主试剂盒提取；
  3. 若有参考基因组，可通过比对分析去除宿主基因组污染。
4.如果存在较大的宿主的污染，且没有宿主基因组的参考序列可以进行宏基因组测序吗？
- 不可以、测序之后，会存在严重的污染，且可用的数据量会很少；但是如果在提取的过程，会影响后续结果分析的准确性，宿主基因组的污染的量较少，如果宿主的DNA包含大量的环境DNA，暂无已知宿主基因组的序列来进行比对去污染，后期的数据分析暂可忽略污染。

5.不同样本测多少数据量合适，有没有依据？

一般遵循文章影响因子越高，样本量和数据量越高的规律。婴儿肠道、粪便等简单环境推荐6G以上数据量，水体、土壤、淤泥等复杂环境推荐12G以上数据量。

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