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转录调控测序

比较转录组测序

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比较转录组-借转录组研究之力解秘物种进化

比较转录组测序（RNA-seq）是基于Illumina测序平台、通过RNA-seq技术手段研究物种进化，挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因，通过不同物种或亚种间mRNA序列差异进而分析近源物种间的亲缘关系。

应用方向

  • 物种进化

    通过转录组测序技术研究物种进化

  • 亲缘关系研究

    分析不同物种或亚种间mRNA序列差异进而探索近源物种间的亲缘关系

  • 基因挖掘

    通过比较转录组挖掘明显受到正向选择或负向选择的基因

九游j9登陆 优势

  • 1. 样本起始量低

    RNA 0.4 μg/建库

  • 2. 周期快、质量好，稳定性高

    九游j9登陆 比较转录组测序是一种快速、全面解析不同品系、不同亚种进化关系及特定组织表达情况的生物学方法，以期从序列水平和基因表达水平发掘物种进化历程。 具有“高效、基因定位准”的优势，并实现快速、稳定的测序数据分析及交付。

    • ≤24

      样本量

    • 40天

      项目周期

    • NovaSeq 6000

      测序平台

    • PE150

      测序读长

    • ≥85%

      测序质量Q30

  • 3. 方案设计专业，质控严格

    九游j9登陆 比较转录组测序针对不同的物种和组织部位，采用合适的提取方法；根据不同的需求可提供不同的建库方式；严格要求测序数据质量：Q20＞90％，Q30＞85％。从材料选取。每一步都经过科学、缜密的设计，到数据分析，以保障高质量研究成果， 建库测序。

    材料选取

    RNA样品
    ≥0.4μg

    文库构建

    PE150测序
    12Gb

    信息分析

    同时九游j9登陆高性能计算平台（High Performance Computing、实现快速稳定的测序数据分析及交付，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合。随着公司业务的发展。 高性能计算平台将会持续更新并扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

  • 4. 项目文章以及物种经验丰富

    九游j9登陆已经成功对番茄、苎麻、裂腹鱼、蛙、沙拐枣、枸杞、核桃、黄岑等近百个物种进行比较转录组分析，已在Plant Molecular Biology等权威期刊发表多篇研究成果。

    • 80人

      分析团队

    • 10年

      项目经验

    • 1000+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

九游j9登陆比较转录组测序、通过对样本的转录本进行单独拼接，研究进化关系，挖掘主效基因集，筛选直系同源基因。表达水平分析包括CDS预测分析、基因表达量分析等，结构水平包括直系 同源基因分析、直系同源基因ka/ks分析、divergent和conserved直系同源基因富集分析、SSR分析等。
比较转录组 分析内容 解决问题
标准分析 测序数据质量评估 过滤掉低质量数据，保证数据质量
转录本拼接 拼接获取后续分析的参考序列
基因功能注释 对拼接序列进行功能注释
CDS预测 预测编码蛋白产物的序列
基因表达水平分析 分析基本的表达量
直系同源基因分析 分析筛选直系同源基因
非同义突变/同义突变（ka/ks）分析 筛选divergent和conserved直系同源基因
GO/KEGG富集分析 筛选得到直系同源基因的GO，KEGG富集分析
SSR分析 简单重复序列预测

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

组织类型 送样建议
新鲜动物组织 ≥200 mg
新鲜植物组织 ≥300 mg

常见问题

  • 1.比较转录组测序和无参转录组测序有什么区别?

    • 无参转录组更关注的是样本之间基因表达量的差异，所以可以采用混合拼接得到参考序列，再将各个样本的reads分别与ref进行mapping获得各个样本的基因表达量。 比较转录组测序关注的一个重点是物种间直系同源基因分析,直系同源基因是通过CDS预测得到的。需要对不同样本进行单独拼接预测CDS，然后比较各样本直系同源基因。

  • 2.比较转录组测序中内参和外参作用是什么？

    • 内参和外参是比较转录组测序在直系同源基因分析过程用到的参考序列，内参相比于项目物种亲缘关系较近，可以是同科不同属的，可以选择同属不同种的；外参则要求亲缘关系较远。 内参和外参可以用于校对样本间的进化关系。具体选择内、外参时也要依据项目物种之间的亲缘关系远近。

拓展材料

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售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com

前台 :：024-85847109

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