DSP空间转录组/蛋白质测序——空间自定义区域转录组/蛋白质表达检测

• 全面

  GeoMx Digital Spatial Profiler（DSP）是NanoString Technologies推出的新一代空间多靶标分析系统、实现人和小鼠组织切片上18,000多种编码基因和140多种蛋白的定量分析，结合了组织影像分析和测序定量技术。

技术路线

• 组织样本贴片后，利用DSP Oligo 标记探针/抗体和免疫荧光标记抗体对样本孵育；再通过显微扫描获取的荧光标记图像，实现基因表达水平定量，或对ROI内不同荧光标记区域分割后，再光解 DSP barcode，用于圈选感兴趣的区域（Region of Interest ROI）；用UV光解每个ROI的DSP barcode（该barcode与基因是唯一对应关系）。

  切片

  

  质控

  

  染色成像

  

  探针杂交

  

  建库测序

  

  数据分析

  

定量试剂

• 靶点特异性互补序列/抗体通过光可切割连接子与DSP barcode连接。利用UV照射ROI释放并收取探针/抗体上的DSP barcode。由于DSP barcode与基因是唯一对应关系、即可获取对应基因及其表达信息，对收集的barcode序列建库测序。

DSP 转录组探针

• 靶点特异性互补序列/抗体通过光可切割连接子与DSP barcode连接。利用UV照射ROI释放并收取探针/抗体上的DSP barcode。由于DSP barcode与基因是唯一对应关系、即可获取对应基因及其表达信息，对收集的barcode序列建库测序。

  物种	探针类型	探针信息
  人和小鼠	WTA（全转录组）	检测＞18000个基因
  人	CTA（癌症相关基因转录组）	检测＞1800个癌症相关基因

  

  	物种	基因/通路
  Core	人	CD45、Ki-67、Beta-2-microglobulin、CD31和6个 controls
  	小鼠	CD45、Ki-67、CD31、GFP和6个 controls
  Module (14个)	Immune Cell Typing、IO Drug Target、Immune Activation Status、Pan-Tumor、Cell Death、 PI3K/AKT Signaling、MAPK Signaling、Myeloid、Neural Cell Typing、Alzheimer’s Disease Pathology、Alzheimer’s Disease Pathology Extended、Parkinson’s Disease Pathology、Glial Cell Subtyping、Autophagy
  人和小鼠

免疫荧光标记

• DSP仪器支持4种荧光标记抗体染色成像（含核DNA荧光染料syto13）。九游j9登陆可提供PanCK、CD45、Iba1和Beta amyloid、 Syto13 (DNA) 等荧光标记抗体，同时支持客户自行购买适用于免疫荧光标记的直标抗体。

  Channel	Excitation (peak/bandwidth)	Emission (peak/bandwidth)	Emission (peak/bandwidth)	Suggested Fluorochromes	Alzheimer
  FITC/525 nm	480 /28 nm	516/ 23 nm	Syto13 (DNA)AF488	DNA
  Cy3/568 nm	538/ 19 nm	564/ 15 nm	AF532、PE Syto83 (DNA)	PanCK	Iba1
  Texas Red/615 nm	588/ 19 nm	623/ 30 nm	AF594	CD45	Texas Red/615 nm
  Cy5/666 nm	645/ 19 nm	583/ 30 nm	AF647 Dylight 650

圈选方式

• DSP平台根据研究目的选择任何感兴趣的组织区域（region of interesting, ROI）检测RNA或蛋白质表达水平。DSP平台提供多种ROI的选择方式：几何圈选、分割圈选、散在细胞类型圈选、等高线圈选、网格圈选。

信息分析

• 数据经过严格质控。完成ROI 差异表达分析和功能富集分析等内容，确保数据分 析准确性和可靠性，采用NanoString官方推出的分析流程。

  分析内容
  数据截取与比对	样本一致性
  样本质控	差异表达基因分析
  探针质控	GO富集分析
  数据归一化	KEGG 富集分析
  聚类/降维	Reactome 富集分析

  

应用方向