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UMI small RNA测序—精准定量small RNA表达水平，探究其功能及调控机制

UMI small RNA测序。可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等，结合高通量测序进行精准定量，主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等；在疾病研究方面，研究某物种某组织在特定条件状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息，文库构建时引入特异性分子标签（UMI）。 九游j9登陆UMI small RNA测序采用Illumina测序平台，通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能分析，实现精准定量， 以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等，通过建库引入特异性分子标签。

  • 精准：

    UMI small RNA 是在建库过程中，利用长度一定、序列随机 / 固定的分子标签来标记初始cDNA 分子。测序后利用 UMI 标签追溯每一个片段的来源，之后进行 small RNA 的测序分析，实现更加精准的定量。

应用方向

适用于所有普通small RNA建库的替换。

  • 植物方向

    植物对环境的适应性、突变、个体发育、遗传性状

  • 动物方向

    农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制

  • 真菌方向

    机理性、应用性、药用食用性研究

九游j9登陆 优势

  • 1. 周期快、质量好，稳定性高

    UMI small RNA通过先进的测序平台。可在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的small RNA，一次性可获得数百万条序列，结合先进的分析方法，得到与调控相关的所有基因。

    • 项目周期40天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业，质控严格

    九游j9登陆 small RNA（sRNA）测序采用Illumina测序平台。为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段，可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开分析，既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因。

    材料选取

    RNA样品
    >200ng

    文库构建
    UMI small RNA文库

    PE150测序

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    九游j9登陆已经成功对人，小鼠，鸡，拟南芥，烟草，酵母，项目经验十分丰富，褐飞虱等多个物种进行UMI small RNA测序分析，榆树，油菜。

    • 80人

      分析团队

    • 7年

      项目经验

    • 600+

      结题项目

    • 1对1

      项目服务

信息分析

九游j9登陆 UMI small RNA测序是在建库的时候用包含UMI标签的接头替代普通建库的接头，在测序后可以通过对UMI标签的识别准确去除扩增产生的重复对基因进行准确定量，进一步能够解析miRNA、 siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序原始数据质控后、已知 miRNA 注释，差异表达 miRNA聚类分析，miRNA靶基因预测，miRNA 家族分析，新miRNA 预测（有参考基因组），靶基因GO、KEGG富集分析，进行Clean reads 长度分布统计，ncRNA分析，差异基因分析，small RNA注释。通过数据分析。协助研究者快速从海量数据中找出与条件相关的small RNA，然后进⼀步探究这些small RNA的生物学意义。

关联分析

  • 1.miRNA与lncRNA关联分析

    • 当lncRNA上带有miRNA结合位点时。miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时。miRNA可以通过RISC与lncRNA结合，指导lncRNA的降解，根据ceRNA理论。miRNA的靶向lncRNA预测分析，可通过生信分析软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。

  • 2.miRNA与mRNA关联分析

    • 根据miRNA对mRNA的抑制作用原理。以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对，筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA。

  • 3.miRNA与CircRNA关联分析

    • CircRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样品类型 送样量
新鲜植物组织 ≥150mg
新鲜动物组织 ≥100mg
新鲜培养细胞 ≥1×10 6
菌体 ≥1×10 6或≥100mg
新采集的全血 ≥3 ml
Total RNA建库起始量 ≥200ng

常见问题

  • 1.UMI小 RNA 测序对样品提取有什么特殊要求？

    • 提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒。也不要使用LiCl沉淀，以免丢失小片段RNA。如果直接提供small RNA样品，可以使用small RNA提取专用试剂盒来进行提取。

  • 2.为什么实验结果中会存在降解的 rRNA序列？

    • 由于 total RNA 会发生轻微的降解，因此实验结果中会含有小部分 mRNA 降解片段，生物体内也有自然的降解过程。但通常比例很低，并且取决于样品 total RNA 的质量。

  • 3.进行UMI small RNA 测序时，客户除了样品以外还需要提供哪些相关信息？

    • 需要提供相应物种的参考基因组相关信息。如果没有本物种的基因组，需要提供近缘物种的相关信息。

拓展材料

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