• 客户服务系统CSS
  • |
  • |
九游j9登陆

 > 

科技服务

 > 

基因组测序

完美基因组（T2T基因组）

产品介绍

送样建议

完美基因组—抵达探索生物奥秘的终点

T2T（Telomere-to-telomere）基因组：是指组装的无gap的端粒到端粒的基因组（在rDNA区域、性染色体、着丝粒中可能允许少量gaps）；具有非常高的Q值（准确性）和BUSCO值（完整性）；在原始数据与组装之间具有最小的结构性错误。

  • 1.策略推荐

    60X HiFi + 100X Ultra-long ONT（N50 > 100K）+ 50X 二代 + 100X Hic
    （1）60X HiFi数据使用Hifiasm进行组装，得到HiFi contig，较常规组装（30X）深度更高，可得到完整性、连续性更高的contig骨架基因组，同时还可为单体型-T2T提供深度支持，进行单体型-T2T组装；
    （2）100X Ultra-long ONT（N50 > 100K）数据使用Nextdenovo进行组装，并使用50X Illumina数据进行纠错，得到ONT contig，使用Ultra-long ONT组装目的是得到片段超长的contig基因组；
    （3）100X Hic数据经Hicup质控，对Hifi contig及ONT contig两版基因组进行Allhic挂载得到基因组染色体版本；
    以HiFi 染色体级别基因组作为Reference，最终得到T2T级别基因组，将Ultra-long ONT染色体级别基因组与其进行相互Merge。

  • 2.T2T基因组质量评估

    T2T基因组组装完成后，需要进行以下评估内容：
    1）基因组评估：包含BUSCO评估（>95%）、序列一致性评估(>98%)、QV评估（>45）等。
    2）与该物种发表最佳版本基因组进行共线性评估：Mummer。
    3）着丝粒、端粒鉴定：对着丝粒、端粒进行预测。将其与基因组直接比对查验，若研究较成熟物种（序列已知）。例如：人类端粒（TTAGGG）、拟南芥端粒（TTTAGGG）。
    4）着丝粒也可使用Chip-seq、FISH等实验进行验证。
    5）填补Gap区域可使用PCR实验进行验证。
    九游j9登陆端粒、着丝粒鉴定及已发表基因组比对

  • 3.适用物种推荐

    动物：哺乳动物、淡水鱼类（详细评估）。
    植物：3G以内常规物种，如玉米、大豆、棉花等。
    特殊物种：部分异源多倍体可承诺（仅限棉花、油菜等）。

  • 4.应用方向

拓展材料

  • 收藏好文

    育种专题 | 单体型基因组组装完整方案

  • 线上课程

    基于三代测序的基因组组装优势/流程/常用软件

更多内容，可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。

售后服务可联系侧边栏"在线客服"、电话400-6581585，或发送邮件至 service@novogene.com

前台 :：028-86479550

客服 : 400-658-1585

中国 · 美国 · 英国 · 新加坡 · 荷兰 · 日本
service@novogene.com
关于九游j9登陆
简介
团队
技术平台
研究成果
投资者关系
资质专利
新闻中心
联系我们
科技服务
基因组测序
转录组测序
表观组测序
单细胞测序
空间转录组
基因分型
质谱分析
转化医学
多组学联合分析
临床检测
肿瘤基因检测
遗传基因检测研究
感染性疾病基因检测研究
生命科学工具
分子产品解决方案
细胞产品解决方案
全自动样本前处理方案
智能产线
实验室自动化解决方案
加入我们
社会招聘
校园招聘

Copyright@2011-2023 All Rights Reserved    版权所有：九游j9登陆    京ICP备15007085号-1

一对一业务咨询

一对一业务咨询

在线客服

联系方式

联系电话

400-658-1585

企业邮箱

service@novogene.com
返回顶部
"); let title = html.substr(tit_startIndex + 7, tit_endIndex - tit_startIndex - 7) document.title = title //修改右侧href $(".content-right").find(".contentTab a").each(function () { var href = $(this).attr("href"); if (href.indexOf("addTabRightUrl") < 0) { href = "javascript:addTabRightUrl('" + href + "')"; $(this).attr("href", href); } }); $(".content-right").find(".contentTab select").each(function () { $(this).attr("onchange", "addTabRightUrl(options[selectedIndex].value)"); }); Fflc_Style() /*20220610 添加的*/ TuPianFangDa() MaoDianDingWei(); return; }) } //点击右侧切换效果 function addTabRightUrl(url, tzlx) { if (tzlx != null && tzlx != undefined && tzlx != "") { if (tzlx == "bhleftdh") { window.open(url,"_blank"); return; } } $.get(url, function (data) { var html = ""; if (data == undefined || data == null || data.length < 1) { html = ""; return; } html = data; var startIndex = html.indexOf(""); var endIndex = html.indexOf(""); $("code").html(html.substr(startIndex + 6, endIndex - startIndex - 6)); $(".banner").html($(html).find(".banner").html()); $(".linkurl").html($(html).find(".linkurl").html()); $(".content-right").html($(html).find(".content-right").html()); //获取title var tit_startIndex = html.indexOf(""); var tit_endIndex = html.indexOf(" "); let title = html.substr(tit_startIndex + 7, tit_endIndex - tit_startIndex - 7) document.title = title //修改右侧href $(".content-right").find(".contentTab a").each(function () { var href = $(this).attr("href"); if (href.indexOf("addTabRightUrl") < 0) { href = "javascript:addTabRightUrl('" + href + "')"; $(this).attr("href", href); } }); $(".content-right").find(".contentTab select").each(function () { $(this).attr("onchange", "addTabRightUrl(options[selectedIndex].value)"); }); Fflc_Style() /*20220610 添加的*/ TuPianFangDa() MaoDianDingWei(); return; }) } /*20220610 添加的*/ //设置经典案例的方法流程的样式 function Fflc_Style() { var screen_width = window.screen.width; var screen_height = window.screen.height; //根据屏幕分辨率判断是否是手机 if (screen_width < 600 && screen_height < 1000) { //是手机端的话 var liuchenglist = $("div.content-right > div.content-content div.pReset_div2>div.pReset_div2_d") console.log(liuchenglist.length) if (liuchenglist.length % 4 == 0 && liuchenglist.length > 0) { $("div.content-right > div.content-content div.pReset_div2>div.pReset_div2_d").each(function () { $(this).css({ "min-width": "22%", "fontSize": "20px" }) }) } } } /*20220610 添加的*/ function MaoDianDingWei() { if ($(".syjy-mulu p>a").length > 0) { $(".syjy-mulu p>a").click(function () { $("html,body").animate({ scrollTop: $($(this).attr("href")).offset().top - 300 }, 500) }) } if ($(".syjy-mulu-v2 p>a").length > 0) { $(".syjy-mulu-v2 p>a").click(function () { $("html,body").animate({ scrollTop: $($(this).attr("href")).offset().top - 300 }, 500) }) } }