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转录本拼接

对于无参考基因组的物种。获得clean reads后，需要对clean reads进行拼接以获取后续分析的参考序列。九游j9登陆采用主流软件Trinity对clean reads进行拼接。作为后续分析的参考序列，拼接得到转录本序列，取每条基因转录出的最长转录本作为unigene。

基因表达水平

将每个样本的测序reads与参考序列（拼接得到的转录本）进行比对。进而分析基因的表达水平，
得到了每个样品比对到每个基因上的readcount数目，
并对其进行FPKM转换。

进化树构建

OrthoMCL对全长的CDS序列进行了直系同源基因搜索分析。构建系统进化树，并筛选出一对一的直系同源基因进行序列比对，将系统进化树结果导入MEGA可查看系统进化树构建结果。

直系同源基因Ka／Ks分析

判断直系同源基因哪些属于同义替换，哪些属于非同义替换，计算Ka/Ks。在遗传学中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是非同义替换率（Ka）和同义替换率（Ks）之间的比例。这个比例可以判断是否有选择压力作用于这个蛋白质编码基因。如果Ka/Ks>1，则认为有正选择效应；如果Ka/Ks=1，则认为存在中性选择；如果Ka/Ks<1，则认为有纯化选择作用。

GO、KEGG富集分析

对获得的直系同源基因进行GO和KEGG富集分析，能更加明确进化过程中哪些功能基因受到选择，进一步明确各基因的功能
和通路信息。

前台 :：021-87102365

客服 : 400-658-1585

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