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Active medulloblastoma enhancers reveal subgroup-specific cellular origins
期刊:Nature
影响因子:41.456
发表单位:Medical Oncology, Dana Farber
Cancer Institute
发表年份:2016年2月
一、研究背景
髓母细胞瘤(medulloblastoma)是一种儿童后颅窝恶性胶质瘤。主要发生于14岁以下的儿童。肿瘤的发展可能与癌基因上游的启动子、增强子以及转录因子的表观调控引起基因的异常表达相关。H3K4me3和H3K27ac在活跃的增强子区显著富集。增强子可通过cis作用调控转录因子和染色质形成调控复合物。同时能传递信号给RNA聚合酶,从而调控靶基因的表达。在人类胚胎干细胞(hESCs)中,H3K4me1、H3K27ac和p300标记的染色质位点是可驱动基因表达的活性增强子。
二、方法流程
四个亚型的髓母细胞瘤样本28个
WNT, n=3
SHH, n= 5
Group 3, n=9
Group 4, n= 11
提取总DNA。构建ChIP-seq文库,以BRD4, H3K27ac, H3K27me3, LMX1A, HLX, LHX2和H3K4me1等蛋白为靶标进行ChIP。
Illumina Hiseq,PE150
增强子图谱、转录组、增强子靶基因预测、靶基因功能富集、功能验证。
三、研究结果
1. 增强子图谱
对28个肿瘤样本中H3K27ac与BRD4的ChIP-seq信号进行相关性分析,对不同亚型肿瘤样本中的增强子进行差异分析(ANOVA),其中Group 3 和Group 4增强子类型较为接近,对其进行K-means聚类可将增强子分为六类(下图 左),结合数据库鉴定增强子区域;结合链特异性转录组测序数据,鉴定到20,406 个差异的活性增强子。2. 增强子靶基因预测
鉴定增强子所属的TAD(topology-associated domain),筛选转录起始位点落在同一个TAD里的基因。并将H3K27ac的增强子富集结果与同一个TAD中的基因表达水平进行相关性分析,相关性最好的基因认为是H3K27ac富集的增强子的靶基因。3. 基因功能分析
利用GO (Biological Process), KEGG和REACTOME对肿瘤亚型特异性的增强子靶基因、超级增强子相关的转录因子进行生物学过程和通路分析。下图便是髓母细胞瘤超级增强子相关的转录因子通路网络(下图 右)。四、研究结论
本文对髓母细胞瘤进行了大规模表观遗传学研究,不是之前研究中所用的实验室培养细胞系,而且研究对象是一批原发患者肿瘤样本。表明细胞系样本与肿瘤样本之间存在表观遗传调控差异。而且髓母细胞瘤不同亚型的表观遗传机制也存在不同,为阐明疾病发生机制,以及开发个体化治疗提供新的基础和思路。
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