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DSP 空间转录组/蛋白质测序

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1. 数据质控与比对

  • Raw reads即样本的原始下机数据。进行后续分析，经过剪切、合并、比对和去重之后。Trimmed reads是指经过序列剪切后仅保留UMI信息和探针Barcode 信息的reads数据，Stitched reads是指合并配对的Read1和Read2；Aligned reads是指比对到探针信息的reads。统计每一步骤处理后的reads数量。

2. 数据归一化

  • 数据在分析前需归一化处理，DSP转录组表达数据推荐Q3分位数归一化（即归一化后，所有样本的基因表达值在3/4分位数保持一致）。 蛋白质表达数据采用Positive Housekeeping 基因归一化数据。

3. 聚类分析

  • 数据在分析前需归一化处理，DSP转录组表达数据推荐Q3分位数归一化（即归一化后，所有样本的基因表达值在3/4分位数保持一致）。 蛋白质表达数据采用Positive Housekeeping 基因归一化数据。

4. 差异表达分析

  • DSP平台提供多种差异分析方法分析相同或不同免疫荧光染色的ROI差异表达基因，有助于揭示空间位置上细胞群间内部异质性。

5. 通路富集分析

  • 功能富集分析包含GO富集、KEGG富集和Reactome富集分析、判断其所影响的生物学功能，揭示ROI之间的差异基因所在的通路。

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