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small RNA筛选

对各样品的 clean reads，筛选一定长度范围内的 sRNA 来进行后续分析。一般来说，长度分布的峰能帮助我们判断 sRNA 的种类，如 miRNA 集中在 21~22 nt，siRNA 集中在 24 nt 等，sRNA 的长度区间为 18~40 nt。 图1 total sRNA片段的长度分布统计

small RNA分类注释

将 mapped 到参考序列上的 reads，与数据库中指定范围序列进行比对，得到各样品匹配上的sRNA 的二级结构，序列、长度等信息。结合注释信息，去除 repeat 序列，尽可能的发现并去除其中的 rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA。利用软件预测新的 sRNA。 图2 长度18~30nt的已知miRNA首位碱基偏好性

表达水平分析

对各样本中已知和新 miRNA 进行表达量的统计，并对样本间表达量相关性进行分析。利用 DESeq 或 DEGseq 对差异表达基因进行筛选。 图3 TPM密度分布图

差异表达sRNA的靶基因功能分析

得到差异表达 sRNA、并对 mRNA 进行 GO、KEGG 富集分析，有助于研究 sRNA 的调控机制，预测其靶向的 mRNA，构建 mRNA 与 sRNA 调控网络。 图4 候选靶基因GO富集柱状图

前台 :：025-85642966

客服 : 400-658-1585

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