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基因组测序

真菌测序

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结果展示

三代送样建议

二代送样建议

基因组Survey

真菌精细图正式测序组装之前，需要进行一个Survey 步骤，以获得基因组大小、复杂程度的基本信息。

数据质控

  • 1. 组装前质控

    三代测序最基本的优势特征，是保证三代测序组装质量的基础，是其独特的测序读长，因此足够长的测序读长。平均10 Kb以上的测序读长。可以解决绝大部分重复序列，保证了真菌基因组精细图的质量。

  • 2、组装后质控

    基因组覆盖的均匀性，测序覆盖越均匀，最终结果的准确性也就越高，每个单碱基的重复次数越好，也是组装质量的重要指标。以三代测序为例，全基因组范围测序数据覆盖是较为均匀的（见下图）。

基因组结构注释

真菌基因结构较为复杂。以获得尽可能可靠的基因结构信息，为保证最终注释结果的准确性，我们结合了三种不同的软件方法进行基因预测，并对结果进行整合。

基因功能注释

通过一系列基本功能数据库的注释。可以获得编码基因在不同数据库中的同源信息，以解释编码基因在真菌生理中的功能。以GO为例，可以在将基因的功能归属到丰富的功能分类中去。

基因家族构建

基于多个样品间基因序列间的相似度。使用MCL算法进行聚类，可以获得样品间的同源基因家族信息。

基因组进化分析

基于多个基因组间的基因家族单拷贝基因信息、可以构建菌株间的系统进化树，用于解析菌株之间的进化关系。

前台 :：027-88247628

客服 : 400-658-1585

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